+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cyf | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB from Synechocystis sp. PCC 6803 | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / bicarbonate transporter / PII-like signaling protein | |||||||||
機能・相同性 | Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Slr1512 protein / Membrane-associated protein slr1513 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, X.Y. / Jiang, Y.L. / Wang, L. / Hou, W.T. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structures of cyanobacterial bicarbonate transporter SbtA and its complex with PII-like SbtB. 著者: Xiao-Yu Liu / Wen-Tao Hou / Liang Wang / Bo Li / Yu Chen / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Cong-Zhao Zhou / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cyf.cif.gz | 240.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7cyf.ent.gz | 199.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cyf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cyf_validation.pdf.gz | 1021.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7cyf_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7cyf_validation.xml.gz | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cyf_validation.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cyf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39671.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC 6803 substr. Kazusa / 遺伝子: slr1512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73953 #2: タンパク質 | 分子量: 12021.810 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC 6803 substr. Kazusa / 遺伝子: slr1513 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73954 #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SbtA-SbtB complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.15 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC 6803 substr. Kazusa |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl pH=8.0, 300 mM NaCl, 5% glycerol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1332746 | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41547 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |