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- PDB-7cxa: Structure of human Galectin-3 CRD in complex with TD-139 belongin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cxa
タイトルStructure of human Galectin-3 CRD in complex with TD-139 belonging to P31 space group.
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta-galactose binding protein / CARBOHYDRATE / TD-139
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / signaling receptor inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / : / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TD2 / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kumar, A.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of interspecies differences in the binding affinity of TD139 to Galectin-3.
著者: Kumar, A. / Paul, M. / Panda, M. / Jayaram, S. / Kalidindi, N. / Sale, H. / Vetrichelvan, M. / Gupta, A. / Mathur, A. / Beno, B. / Regueiro-Ren, A. / Cheng, D. / Ramarao, M. / Ghosh, K.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
B: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4986
ポリマ－37,1302
非ポリマー1,3684
水1,874104
1
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2493
ポリマ－18,5651
非ポリマー6842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
2
B: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2493
ポリマ－18,5651
非ポリマー6842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.843, 40.843, 152.631
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 114 - 249 / Label seq-ID: 29 - 164

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 18565.160 Da / 分子数: 2 / 断片: Carbohydrare Recognition Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / プラスミド: pET28 N-His-TVMV / 詳細 (発現宿主): pET28 N-His-TVMV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-TD2 / 3-deoxy-3-[4-(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-beta-D-galactopyranosyl 3-deoxy-3-[4-(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-thio-beta-D-galactopyranoside


分子量: 648.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30F2N6O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28-35% PEG 4000/6000, 0.1M Tris (pH 7.5 - pH 8.5), 0.1M MgCl2, 0.4M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.035
11K, H, -L20.322
11-h,-k,l30.606
11-K, -H, -L40.038
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 20163 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 86610
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.97-2.044.40.73820571.0251100
2.04-2.124.40.52519651.125199.9
2.12-2.224.50.39320201.0471100
2.22-2.344.40.26620221.048199.9
2.34-2.484.50.19919931.051100
2.48-2.674.50.14320581.0111100
2.67-2.944.30.11220501.011100
2.94-3.3740.0820141.0231100
3.37-4.2440.05719981.0491100
4.24-5040.04719861.079196.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZSL

3zsl


解像度: 1.97→32.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.398 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 1119 5.6 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2042 19011 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.58 Å2 / Biso mean: 62.585 Å2 / Biso min: 29.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.71 Å20 Å20 Å2
2--20.71 Å20 Å2
3----41.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→32.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2134 0 152 104 2390
Biso mean--65.57 63.33 -
残基数----275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.6993124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.633132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3285273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.9222.137117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.26215335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.8461515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0220
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3879 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.019 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 86 -
Rwork0.28 1428 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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