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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cup | ||||||
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タイトル | Structure of 2,5-dihydroxypridine Dioxygenase from Pseudomonas putida KT2440 | ||||||
要素 | 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / non-heme dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase / 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase activity / : / metal ion binding / : / 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, G.Q. / Tang, H.Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: 2,5-dihydroxypridine Dioxygenase in complex with 2,5-dihydroxypridine and product N-formylmaleamic acid 著者: Liu, G.Q. / Tang, H.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cup.cif.gz | 439.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cup.ent.gz | 358.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cup_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cup_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7cup_validation.xml.gz | 88 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cup_validation.cif.gz | 128.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/7cup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/7cup | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40589.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 株: KT2440 / 遺伝子: nicX, PP_3945 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q88FY1, 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 0.2 M Succinic acid pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97892 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 142933 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 6863 / CC1/2: 0.972 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CNT 解像度: 2→47.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.602 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.83 Å2 / Biso mean: 27.746 Å2 / Biso min: 14.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→47.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0
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