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万見
- PDB-6u1x: Structure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u1x
タイトルStructure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex with Its Phosphoprotein Cofactor (3.0 A resolution)
要素
  • Phosphoprotein
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / Vesicular stomatitis virus / RNA-dependent RNA polymerase / L protein / P protein / phosphoprotein / single particle analysis / transcription / replication / virus / viral / RdRp / PRNTase / nonsegmented negative-sense RNA viruses
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP polyribonucleotidyltransferase / RNA folding chaperone / phosphorylation / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...GDP polyribonucleotidyltransferase / RNA folding chaperone / phosphorylation / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, central domain / : / : / Vesiculovirus phosphoprotein / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / Phosphoprotein, C-terminal domain, viral / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus ...Phosphoprotein, central domain / : / : / Vesiculovirus phosphoprotein / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / Phosphoprotein, C-terminal domain, viral / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jenni, S. / Bloyet, L.M. / Dias-Avalos, R. / Liang, B. / Wheelman, S.P.J. / Grigorieff, N. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R37 AI059371 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex with Its Phosphoprotein Cofactor.
著者: Simon Jenni / Louis-Marie Bloyet / Ruben Diaz-Avalos / Bo Liang / Sean P J Whelan / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison /
要旨: The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses are multifunctional enzymes that produce capped, methylated, and polyadenylated mRNA and replicate the viral genome. A ...The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses are multifunctional enzymes that produce capped, methylated, and polyadenylated mRNA and replicate the viral genome. A phosphoprotein (P), required for efficient RNA-dependent RNA polymerization from the viral ribonucleoprotein (RNP) template, regulates the function and conformation of the L protein. We report the structure of vesicular stomatitis virus L in complex with its P cofactor determined by electron cryomicroscopy at 3.0 Å resolution, enabling us to visualize bound segments of P. The contacts of three P segments with multiple L domains show how P induces a closed, compact, initiation-competent conformation. Binding of P to L positions its N-terminal domain adjacent to a putative RNA exit channel for efficient encapsidation of newly synthesized genomes with the nucleoprotein and orients its C-terminal domain to interact with an RNP template. The model shows that a conserved tryptophan in the priming loop can support the initiating 5' nucleotide.
履歴
登録2019年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20614
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
P: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,3874
ポリマ－271,2562
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3280 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area80130 Å2

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 241313.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan) (ウイルス)
株: San Juan
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03523, RNA-directed RNA polymerase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, GDP polyribonucleotidyltransferase, EC: 2.1.1.296
#2: タンパク質 Phosphoprotein / P protein / Protein M1


分子量: 29941.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan) (ウイルス)
株: San Juan / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03520
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VSV L:P / タイプ: COMPLEX
詳細: L protein (full-length) in complex with P protein (35-106)
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.24 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 100 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3307
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細 (eV)
4CTFFIND4CTF補正Part of cisTEM
7O14.0.0モデルフィッティング
9FREALIGNX初期オイラー角割当Part of cisTEM
10FREALIGNX最終オイラー角割当Part of cisTEM
11FREALIGNX分類Part of cisTEM
12FREALIGNX３次元再構成Part of cisTEM
13PHENIX1.16-3549モデル精密化
画像処理詳細: Movies were gain-corrected and aligned using cisTEM.
CTF補正詳細: CTF correction using cisTEM / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 246825 / 詳細: Resolution limit for picking: 2 nm
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83979 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Refinement and classification were limited to a resolution of 0.4 nm to produce unbiased resolution estimate at final estimate resolution.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 70.6 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: CC + restraints
原子モデル構築PDB-ID: 5A22

5a22


PDB chain-ID: A / Accession code: 5A22 / Pdb chain residue range: 35-2109 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 70.67 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003233923
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.567461335
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03932561
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00334933
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.624713654

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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