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- PDB-7cui: Crystal structure of fission yeast Pot1 and Tpz1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cui
タイトルCrystal structure of fission yeast Pot1 and Tpz1
要素
  • Protection of telomeres protein 1
  • Protection of telomeres protein tpz1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / telomere
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere-telomerase complex assembly / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere capping / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex ...telomere-telomerase complex assembly / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere capping / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adrenocortical dysplasia protein / Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protection of telomeres protein 1 / Protection of telomeres protein tpz1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sun, H. / Wu, Z. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into Pot1-ssDNA, Pot1-Tpz1 and Tpz1-Ccq1 Interactions within fission yeast shelterin complex.
著者: Sun, H. / Wu, Z. / Zhou, Y. / Lu, Y. / Lu, H. / Chen, H. / Shi, S. / Zeng, Z. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2020年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein 1
B: Protection of telomeres protein tpz1
C: Protection of telomeres protein 1
D: Protection of telomeres protein tpz1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0496
ポリマ－63,8574
非ポリマー1922
水1,928107
1
A: Protection of telomeres protein 1
B: Protection of telomeres protein tpz1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0253
ポリマ－31,9292
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10690 Å2
手法PISA
2
C: Protection of telomeres protein 1
D: Protection of telomeres protein tpz1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0253
ポリマ－31,9292
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.227, 126.227, 121.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

SO4

21C-601-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Protection of telomeres protein 1


分子量: 22926.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pot1, SPAC26H5.06 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O13988
#2: タンパク質 Protection of telomeres protein tpz1 / Meiotically up-regulated gene 169 protein


分子量: 9002.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tpz1, mug169, SPAC6F6.16c, SPAC6F6.18c / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14246
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 25% PEG8000, 100 mM sodium citrate and 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL18U110.97853
シンクロトロンSSRF BL19U120.97853
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2016年6月29日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2016年6月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978531
21
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 30605 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.855 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 196899
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.695.50.6629860.7590.3030.7290.92198.7
2.69-2.86.50.57929800.8670.2450.630.91599.7
2.8-2.936.70.42330030.9350.1750.4580.91899.6
2.93-3.086.40.27730210.9650.1180.3020.88599.7
3.08-3.286.60.1930200.9840.080.2060.88499.8
3.28-3.536.80.12630450.9910.0520.1370.87199.8
3.53-3.886.70.08630580.9950.0360.0930.87299.9
3.88-4.456.40.05930710.9960.0250.0640.81299.8
4.45-5.66.70.0531260.9970.0210.0540.76799.9
5.6-506.10.04332950.9980.0190.0470.71899.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→43.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 17.901 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1482 4.9 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
obs0.1977 28551 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.74 Å2 / Biso mean: 49.731 Å2 / Biso min: 17.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.84 Å2-0 Å2
3---1.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→43.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 10 107 3397
Biso mean--59.89 44.51 -
残基数----402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0123368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0291.634574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1245394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.16522.84162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.17115586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1311516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022472
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr133368
LS精密化 シェル解像度: 2.602→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 68 -
Rwork0.275 1669 -
all-1737 -
obs--78.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6945-0.37460.40132.1553-0.32522.3716-0.0102-0.046-0.05080.14050.141-0.09370.21970.2106-0.13080.12330.1009-0.03930.1574-0.02220.0222142.0512114.559-62.5186
24.9105-4.042-0.51464.93-2.4025.05930.2382-0.17590.5165-0.4496-0.1946-0.47120.44370.6206-0.04350.17660.1796-0.07990.2552-0.09480.2047151.2253105.5379-65.1843
31.00751.0418-0.62722.6833-0.55182.6381-0.06250.15980.0135-0.08860.1884-0.0374-0.24250.122-0.12590.0894-0.0880.01080.18860.0030.0089141.6381139.3391-90.0958
44.66210.9850.55121.3734-2.01233.97890.02230.4068-0.10310.2408-0.0912-0.0926-0.45960.43310.0690.1288-0.16130.02850.2819-0.07030.143151.4714147.7714-88.1849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A372 - 555
2X-RAY DIFFRACTION2B185 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3C372 - 555
4X-RAY DIFFRACTION4D185 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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