PDB-7cug: Crystal Structure of Urate Oxidase from Bacillus sp. TB-90 in the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cug

タイトル

Crystal Structure of Urate Oxidase from Bacillus sp. TB-90 in the absence from Chloride Anion at 1.62 A resolution

要素

Uric acid degradation bifunctional protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / catalytic mechanism / water structure / enzyme kinetics / enzyme structure / conformational flexibility / quasi-stable water molecule

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Hibi, T. / Itoh, T.

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Identification of quasi-stable water molecules near the Thr73-Lys13 catalytic diad of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase by X-ray crystallography with controlled humidity.
著者: Hibi, T. / Itoh, T.

履歴

登録	2020年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cug.cif.gz	448.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cug.ent.gz	305 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7cug_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cug_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7cug_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	7cug_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/7cug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/7cug	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7cucC 7cufC 3wlvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cuf-1 7cmn-1 7cmq-1 3wlv-d 7cuc-1 5y2p-1 5z2b-1 1j2g-d 5lsr-1 5y52-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (5)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
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ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
145 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.657, 133.715, 145.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Uric acid degradation bifunctional protein / Urate oxidase 分子量: 35823.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア) 株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 6種, 644分子

#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 16%(w/v) PEG 8000, 0.1M Tris/H2SO4, pH 8.3, 0.09 M K2SO4, 2mM 8-azaxanthine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 87767 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 17.61 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_rim(I) all: 0.372 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.62→1.72 Å / R_merge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2227 / CC_1/2: 0.879 / R_rim(I) all: 0.413 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WLV

3wlv

解像度: 1.62→42.61 Å / SU ML: 0.2318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.5022
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2562	4389	5 %
R_work	0.2188	83338	-
obs	0.2207	87727	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.82 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.257 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→42.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4803	0	57	633	5493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0125	5025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9891	6817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0612	755
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	871
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0139	681

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.64	0.371	112	0.3113	2115	X-RAY DIFFRACTION	75.24
1.64-1.66	0.3147	140	0.2924	2671	X-RAY DIFFRACTION	97.06
1.66-1.68	0.2791	143	0.2714	2706	X-RAY DIFFRACTION	97.24
1.68-1.7	0.2897	143	0.2653	2726	X-RAY DIFFRACTION	97.39
1.7-1.72	0.2952	144	0.2661	2733	X-RAY DIFFRACTION	97.46
1.72-1.74	0.2953	143	0.2643	2723	X-RAY DIFFRACTION	98.15
1.74-1.77	0.2901	143	0.2585	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.77-1.79	0.3015	148	0.2659	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.79-1.82	0.3245	146	0.2987	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.82-1.85	0.3546	146	0.2871	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.85-1.88	0.343	148	0.2853	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.88-1.92	0.2945	147	0.269	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.92-1.96	0.299	146	0.2555	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2534	149	0.254	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.3089	147	0.2525	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.3085	147	0.2573	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.2837	148	0.2491	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.2	0.3164	148	0.2431	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.3165	147	0.2396	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.33	0.2928	149	0.2431	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.42	0.2625	147	0.225	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.51	0.2901	150	0.2262	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.63	0.2714	148	0.2231	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.77	0.252	149	0.2223	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.94	0.2641	148	0.2098	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.17	0.2421	151	0.2029	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.49	0.2232	149	0.1802	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.99	0.1914	151	0.1715	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-5.02	0.1657	153	0.1469	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-42.61	0.2121	159	0.1976	2978	X-RAY DIFFRACTION	98.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.603608208307	-0.297331687532	-0.093781502493	0.714743663756	-0.0170872484662	0.653805500455	0.201976086567	0.164286913109	-0.0685914418597	-0.259430674909	-0.122302596024	0.0917890595548	0.0765483392646	-0.0650729146654	-0.0893373120064	0.256808322747	0.0536190643913	-0.0704021178301	0.15683261177	-0.0412966106356	0.165759309837	-11.2553433314	-18.7495930576	-43.9662248391
2	0.987736723835	0.574584534771	-0.249322395987	1.03358715471	-0.275350366151	0.506141340638	0.1833206688	0.167096140178	-0.143604182595	0.0498362141628	-0.0897528971207	0.0346889570312	-0.0185364820614	-0.0339427189011	-0.0718085737472	0.265756937536	0.0696779523293	-0.0781089143632	0.170249940499	-0.0360221437936	0.1973491798	-8.74166848448	-20.9346068542	-46.9959384604
3	0.558601519699	-0.30805381455	-0.0400571130292	0.488977452685	0.339089375369	0.429680625022	0.164286507533	0.14455799565	-0.0462056494279	-0.0331028772532	-0.0833553563113	0.0221581518901	0.0349350819469	-0.0603279269157	-0.0792306864644	0.220666734278	0.0716274448227	-0.0316609170911	0.167788387368	-0.00468355310931	0.146400818314	-14.3836042778	-3.62364577647	-47.6751967246
4	0.580409295561	-0.125572173993	0.170520067713	1.30121874976	0.423793509368	0.940037396309	0.134520627558	0.165945460024	-0.0328167027661	-0.215997096703	-0.108703297376	-0.00126592956138	0.0445421482732	-0.0407644965566	-0.0254960410818	0.251956824635	0.118586786049	-0.00952032230858	0.250384877125	-0.00475747516429	0.168108049584	-19.4663882715	1.90332014761	-53.6093617692
5	2.19022343984	0.614220605595	0.209572579575	1.50446659945	0.484749086405	0.785337682701	-0.037125008145	0.199208681548	0.188925441148	-0.277547271832	0.00517862474951	-0.030276947052	-0.149600577247	-0.0271595481544	0.0145008320953	0.221481127298	0.0694804868754	0.0246010177141	0.192597175799	0.0327584738274	0.166730530435	-10.7139849853	16.0206192933	-45.6138074272
6	0.442562749074	-0.255668530639	0.462460191157	0.540177562932	-0.448812441962	1.13145178091	0.0324992822909	-0.0180225371494	0.042670439133	-0.0490083021037	-0.0302910956529	-0.0196715222462	0.0140527392423	-0.116862124892	-0.00415261568452	0.122326064184	0.0206699179941	0.0117245766757	0.157758483055	0.00196303160191	0.138874576849	-19.8538121555	9.14027399724	-25.0251196767
7	1.07338441927	-0.474115705409	0.449212850934	1.17645863053	-0.334688242551	1.6763204477	0.0518509246194	-0.0333330913138	0.016128286302	0.00470273040181	-0.0618161849021	0.0362559063737	-0.0141844028512	-0.0757524438245	0.0138173979947	0.0916550638037	0.0102240858347	-0.00141619945239	0.125889554866	0.00860282587068	0.13358296148	-24.1948484533	13.205131521	-25.5547577717
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11	2.36538463902	0.870877443418	0.344600133796	2.64707172788	0.0573358577709	1.92925705231	0.189959072051	-0.28197750219	0.124301423296	0.0805855324333	-0.164270670094	0.349100336815	-0.220591204731	-0.474337920169	-0.0255209648217	0.157501333728	0.0308910793818	0.0170184034559	0.266511990563	0.0242673096272	0.186590578665	-26.5533942521	1.76183162697	-10.4442982136
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13	1.59002884244	0.608309461374	-0.808372382868	0.791486789848	0.201896473433	1.45885384434	-0.102894973329	-0.0522027920194	-0.074153956783	0.0701298125355	0.0451897534223	-0.0727145395885	0.335221406911	0.120436220502	0.032321948293	0.207194645046	0.0145893282003	-0.0140307253926	0.115252167345	0.00214473820234	0.122350454148	-0.280981889832	-19.1563704043	-23.7161084302

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 8 through 72 )	A	A	8 - 72	1 - 65
2	2	chain 'A' and (resid 73 through 132 )	A	A	73 - 132	66 - 125
3	3	chain 'A' and (resid 133 through 192 )	A	A	133 - 192	126 - 186
4	4	chain 'A' and (resid 193 through 276 )	A	A	193 - 276	187 - 270
5	5	chain 'A' and (resid 277 through 310 )	A	A	277 - 310	271 - 304
6	6	chain 'B' and (resid 8 through 72 )	B	I	8 - 72	1 - 65
7	7	chain 'B' and (resid 73 through 119 )	B	I	73 - 119	66 - 113
8	8	chain 'B' and (resid 120 through 135 )	B	I	120 - 135	114 - 129
9	9	chain 'B' and (resid 136 through 161 )	B	I	136 - 161	130 - 157
10	10	chain 'B' and (resid 162 through 213 )	B	I	162 - 213	158 - 210
11	11	chain 'B' and (resid 214 through 229 )	B	I	214 - 229	211 - 226
12	12	chain 'B' and (resid 230 through 276 )	B	I	230 - 276	227 - 274
13	13	chain 'B' and (resid 277 through 310 )	B	I	277 - 310	275 - 308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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