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- PDB-7cru: hnRNPK NLS in complex with Importin alpha 1 (KPNA2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cru
タイトルhnRNPK NLS in complex with Importin alpha 1 (KPNA2)
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
  • Importin subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / importin alpha / hnRNPK / NLS / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of DNA recombination / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / NS1 Mediated Effects on Host Pathways ...regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of DNA recombination / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-bearing protein import into nucleus / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nuclear localization sequence binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear import signal receptor activity / podosome / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / DNA metabolic process / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of type I interferon production / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / HCMV Late Events / cell projection / ISG15 antiviral mechanism / mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / histone deacetylase binding / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / nuclear membrane / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ROK, N-terminal / ROKNT (NUC014) domain / KH domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / K Homology domain, type 1 / Importin-alpha, importin-beta-binding domain ...ROK, N-terminal / ROKNT (NUC014) domain / KH domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / K Homology domain, type 1 / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Importin subunit alpha-1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yao, J. / Sun, Q.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2021
タイトル: Nuclear import receptors and hnRNPK mediates nuclear import and stress granule localization of SIRLOIN.
著者: Yao, J. / Tu, Y. / Shen, C. / Zhou, Q. / Xiao, H. / Jia, D. / Sun, Q.
履歴
登録2020年8月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
A: Importin subunit alpha-1
D: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
C: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,18210
ポリマ－104,7954
非ポリマー3876
水1,74797
1
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
A: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4563
ポリマ－52,3972
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
2
D: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
C: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7267
ポリマ－52,3972
非ポリマー3285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.792, 83.317, 101.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K / hnRNPK NLS / hnRNP K / Transformation up-regulated nuclear protein / TUNP


分子量: 2877.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPK, HNRPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61978
#2: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Karyopherin subunit alpha-2 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49520.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52292
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% w/v PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 36276 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Rpim(I) all: 0.175 / Rrim(I) all: 0.255 / Χ2: 0.927 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.8-2.853.317550.3380.8880.79796.4
2.85-2.93.418240.2780.8180.83398.8
2.9-2.963.318130.3380.7620.83799.6
2.96-3.023.418100.4630.6650.80698.9
3.02-3.083.318270.5130.5840.81698.60.916
3.08-3.153.317660.520.5430.827970.836
3.15-3.23317240.5830.4260.90193.70.6270.762
3.23-3.323.218020.6680.4050.8998.10.6210.745
3.32-3.423.518090.7340.3520.92499.70.5640.667
3.42-3.533.518320.810.2970.89899.80.4780.564
3.53-3.653.518420.8550.2350.96199.80.3780.446
3.65-3.83.518310.90.1830.99599.70.2930.346
3.8-3.973.418540.9240.1541.04399.60.2440.29
3.97-4.183.518050.9550.1261.001990.2010.238
4.18-4.443.318320.9520.1131.06299.20.1760.21
4.44-4.793.117460.9660.0981.07294.40.1470.178
4.79-5.273.518440.9660.0990.92598.90.1580.187
5.27-6.033.518470.9690.1020.85999.20.1650.194
6.03-7.593.418600.9730.0921.02399.30.1450.172
7.59-503.218530.9730.0671.05496.70.1030.123

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WV6

4wv6


解像度: 2.8→46.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 17.501 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.629 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 1850 5.1 %RANDOM
Rwork0.2137 ---
obs0.215 34409 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.29 Å2 / Biso mean: 51.04 Å2 / Biso min: 11.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å2-0 Å2-0.71 Å2
2---2.48 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→46.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6836 0 26 97 6959
Biso mean--61.4 33.76 -
残基数----893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0146977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9231.6479490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7491.63415251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6875887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21724.199312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.881151194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7031528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021173
LS精密化 シェル解像度: 2.792→2.865 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 120 -
Rwork0.335 2387 -
all-2507 -
obs--93.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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