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- PDB-7cr5: Complex structure of a human monoclonal antibody with SARS-CoV-2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cr5
タイトルComplex structure of a human monoclonal antibody with SARS-CoV-2 nucleocapsid protein NTD
要素
  • Nucleoprotein
  • monoclonal antibody chain H
  • monoclonal antibody chain L
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Human monoclonal antibody / SARS-CoV-2 / nucleocapsid protein / Complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Immunoglobulins ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Chen, S. / Kang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770801 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A SARS-CoV-2 antibody curbs viral nucleocapsid protein-induced complement hyperactivation.
著者: Kang, S. / Yang, M. / He, S. / Wang, Y. / Chen, X. / Chen, Y.Q. / Hong, Z. / Liu, J. / Jiang, G. / Chen, Q. / Zhou, Z. / Zhou, Z. / Huang, Z. / Huang, X. / He, H. / Zheng, W. / Liao, H.X. / ...著者: Kang, S. / Yang, M. / He, S. / Wang, Y. / Chen, X. / Chen, Y.Q. / Hong, Z. / Liu, J. / Jiang, G. / Chen, Q. / Zhou, Z. / Zhou, Z. / Huang, Z. / Huang, X. / He, H. / Zheng, W. / Liao, H.X. / Xiao, F. / Shan, H. / Chen, S.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
H: monoclonal antibody chain H
L: monoclonal antibody chain L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0384
ポリマ－61,9733
非ポリマー651
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.065, 52.596, 85.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 14750.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 抗体 monoclonal antibody chain H


分子量: 24122.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 monoclonal antibody chain L


分子量: 23099.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 0.01M Calcium chloride dihydrate, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 7.2) ,1.675M Ammonium sulfate, 0.5mM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 41759 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 33.33 Å2 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.23 / Χ2: 1.215 / Net I/av σ(I): 16.7 / Net I/σ(I): 13.18
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 1.331 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 2023 / CC1/2: 0.782 / CC star: 0.937 / Rrim(I) all: 1.405 / Χ2: 0.449 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M3M,6TCN

6m3m

6tcn


解像度: 2.08→28.58 Å / SU ML: 0.2646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.0681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1998 4.8 %
Rwork0.1908 39668 -
obs0.1923 41666 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→28.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4179 0 1 255 4435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00764284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87595836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5991597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.140.34371150.26992276X-RAY DIFFRACTION80.51
2.14-2.190.28961430.25692838X-RAY DIFFRACTION99.6
2.19-2.260.25621410.23412802X-RAY DIFFRACTION99.83
2.26-2.330.30861420.22952843X-RAY DIFFRACTION99.9
2.33-2.410.28431440.22772831X-RAY DIFFRACTION99.9
2.41-2.510.25271440.22032872X-RAY DIFFRACTION99.97
2.51-2.630.29941410.21372819X-RAY DIFFRACTION99.97
2.63-2.760.24841440.21322862X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.940.23641440.21272866X-RAY DIFFRACTION99.97
2.94-3.160.27241440.20732854X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.480.24911470.19672894X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.980.1931460.17182897X-RAY DIFFRACTION100
3.98-5.010.1421480.14072943X-RAY DIFFRACTION100
5.01-28.580.18361550.1713071X-RAY DIFFRACTION99.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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