PDB-6az2: Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6az2

タイトル

Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex

要素

Fab Heavy Chain
Fab Light Chain
Histone chaperone ASF1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Complex / Asf1 / Crystal Chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.477 Å

データ登録者

Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Locking the Elbow: Improved Antibody Fab Fragments as Chaperones for Structure Determination.
著者: Bailey, L.J. / Sheehy, K.M. / Dominik, P.K. / Liang, W.G. / Rui, H. / Clark, M. / Jaskolowski, M. / Kim, Y. / Deneka, D. / Tang, W.J. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2017年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6az2.cif.gz	630.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6az2.ent.gz	534.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6az2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6az2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6az2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cjoC 6ayzC 5uea C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ayz-1 5uea-1 6ayz-2 4rrp-3 4rrp-1 4rrp-6 5ucb-d 5uek-d 4rrp-2 5uea-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab Heavy Chain

C: Fab Heavy Chain

B: Histone chaperone ASF1

D: Histone chaperone ASF1

E: Fab Light Chain

F: Fab Light Chain

131 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab Heavy Chain

B: Histone chaperone ASF1

F: Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fab Heavy Chain

D: Histone chaperone ASF1

E: Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.666, 109.743, 122.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Fab Heavy Chain 分子量: 24406.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Histone chaperone ASF1 / Anti-silencing function protein 1 / yASF1 分子量: 17428.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ASF1, CIA1, YJL115W, J0755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32447
#3: 抗体	Fab Light Chain 分子量: 23459.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.477→50.055 Å / Num. obs: 47748 / % possible obs: 98.7611 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 30.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化
HKL-3000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.477→50.055 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	2416	5.06 %
R_work	0.1931	-	-
obs	0.1948	47748	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.477→50.055 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8686	0	0	264	8950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8897
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.643	12123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.469	5315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4772-2.5277	0.3096	103	0.2531	2164	X-RAY DIFFRACTION	80
2.5277-2.5827	0.3007	139	0.2429	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5827-2.6428	0.315	156	0.2382	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.7088	0.2751	155	0.2376	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7088-2.7821	0.2806	155	0.2585	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7821-2.8639	0.2992	136	0.2358	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8639-2.9564	0.2891	141	0.2259	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9564-3.062	0.2488	115	0.2295	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.062-3.1846	0.2617	151	0.2253	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1846-3.3295	0.2473	146	0.2228	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3295-3.505	0.225	124	0.2035	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-3.7245	0.2339	153	0.1896	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7245-4.012	0.2217	159	0.1795	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.012-4.4155	0.1836	123	0.1558	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4155-5.0539	0.1596	159	0.1353	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0539-6.3654	0.1855	169	0.156	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3654-50.0648	0.2225	132	0.19	2884	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8029	-0.2073	1.7214	0.1897	-0.8735	3.7147	0.1294	0.2553	0.0217	-0.3301	-0.189	0.0511	0.4052	0.3632	0.0411	0.4844	0.1207	-0.0445	0.3812	-0.0037	0.3724	-7.1983	42.0305	-49.4162
2	3.2372	-0.1125	1.3081	0.7929	0.0535	1.5146	-0.0374	-0.1265	-0.0828	-0.0855	0.0253	0.2289	0.0561	-0.4141	0.0045	0.2544	-0.0528	0.025	0.4057	0.017	0.3121	-39.6427	24.9526	-14.9029
3	3.3146	1.2466	-0.1976	2.191	-0.2515	2.6609	-0.1317	-0.18	0.227	0.038	-0.1431	-0.1346	-0.3456	0.4509	0.233	0.3013	-0.0101	-0.0679	0.287	0.0572	0.3253	3.7741	48.8401	-10.4403
4	1.3159	-0.1781	-0.0705	1.98	-1.0785	4.2082	0.1061	-0.1672	-0.1469	0.0473	0.0267	0.1333	0.2642	-0.0541	-0.1066	0.1937	-0.0314	-0.0199	0.188	-0.0152	0.2863	-0.0344	15.5514	-5.5196
5	2.7464	0.0643	1.2333	0.4271	-0.1512	1.6857	0.023	0.5316	-0.3277	-0.3171	0.0836	0.1162	-0.0325	-0.1518	-0.1018	0.4432	-0.032	-0.0663	0.4619	-0.0929	0.3637	-36.0092	17.7934	-31.7107
6	0.6326	0.3732	1.2562	0.3974	0.8972	4.1809	0.0708	-0.0422	-0.0245	-0.2508	-0.1212	0.1361	-0.0264	-0.6185	0.0653	0.4127	0.0828	-0.068	0.3842	0.0129	0.3961	-24.3231	48.9416	-46.2672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 2:217)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain C and resseq 1:218)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resseq 2:154)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 2:154)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resseq 3:212)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain F and resseq 3:213)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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