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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cps | ||||||||||||||||||||
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タイトル | A 2:1 stoichiometric complex of anticancer drug 4'-Epiadriamycin bound to parallel G-quadruplex DNA [d-(TTGGGGT)]4. | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / G-Quadruplex / Parallel stranded G-Quadruplex / 4'-Epirubicin / 4'-Epiadriamycin DNA-Drug Complex | 機能・相同性 | 4'-EPIDOXORUBICIN / DNA | 機能・相同性情報 生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Barthwal, R. / Tariq, Z. / Pandav, K. | 引用 | ジャーナル: To Be Published | タイトル: A 2:1 stoichiometric complex of anticancer drug 4'-Epiadriamycin bound to parallel G-quadruplex DNA [d-(TTGGGGT)]4. 著者: Barthwal, R. / Tariq, Z. / Pandav, K. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cps.cif.gz | 207.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cps.ent.gz | 170.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cps_validation.pdf.gz | 493.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cps_full_validation.pdf.gz | 654.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7cps_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cps_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cps | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2184.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物) #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.03 mM DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'), 2.06 mM 4'-EPIDOXORUBICIN, 90% H2O/10% D2O Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM / Label: Condition 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |