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Yorodumi- PDB-7co9: Ternary complex of DNA polymerase Mu with 1-nt gapped DNA (T:dGMP... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7co9 | ||||||
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Title | Ternary complex of DNA polymerase Mu with 1-nt gapped DNA (T:dGMPNPP) and Mg | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / polymerase mu / misincorporation / gap filling / mutagenesis / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.599 Å | ||||||
Authors | Guo, M. / Zhao, Y. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Mechanism of genome instability mediated by human DNA polymerase mu misincorporation. Authors: Guo, M. / Wang, Y. / Tang, Y. / Chen, Z. / Hou, J. / Dai, J. / Wang, Y. / Wang, L. / Xu, H. / Tian, B. / Hua, Y. / Zhao, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7co9.cif.gz | 187.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7co9.ent.gz | 140.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7co9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7co9_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7co9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7co9_validation.xml.gz | 19.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7co9_validation.cif.gz | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7co9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7co9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7co6C 7co8C 7coaC 7cobC 7cocC 7codC 4m04S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 53796.164 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: P410G, deletion 398-409 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: POLM, polmu / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 3 types, 3 molecules TDP
#2: DNA chain | Mass: 2731.798 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 1191.818 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: 5' phosphorylated dG / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: DNA chain | Mass: 1190.830 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 4 types, 383 molecules
#5: Chemical | ChemComp-XG4 / | ||||
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#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-K / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 / Details: TRIS-HCL, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.599→27.513 Å / Num. obs: 60405 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.171 % / Biso Wilson estimate: 20.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 22.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4M04 Resolution: 1.599→27.513 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.4 Å2 / Biso mean: 26.8194 Å2 / Biso min: 11.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.599→27.513 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 3.1677 Å / Origin y: 3.4499 Å / Origin z: 11.4581 Å
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Refinement TLS group | Selection details: Chain A or Chain T or Chain P or Chain D |