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- PDB-7co8: Ternary complex of DNA polymerase Mu with 2-nt gapped DNA (T:dGMPNPP) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7co8 | ||||||
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Title | Ternary complex of DNA polymerase Mu with 2-nt gapped DNA (T:dGMPNPP) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/DNA / polymerase mu / misincorporation / gap filling / mutagenesis / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, M. / Zhao, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism of genome instability mediated by human DNA polymerase mu misincorporation. Authors: Guo, M. / Wang, Y. / Tang, Y. / Chen, Z. / Hou, J. / Dai, J. / Wang, Y. / Wang, L. / Xu, H. / Tian, B. / Hua, Y. / Zhao, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 137.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 799.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7co6C ![]() 7co9C ![]() 7coaC ![]() 7cobC ![]() 7cocC ![]() 7codC ![]() 4m04S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 53796.164 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: P410G, deletion 398-409 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 3 types, 3 molecules TPD
#2: DNA chain | Mass: 3035.990 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#3: DNA chain | Mass: 1190.830 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: DNA chain | Mass: 1191.818 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: 5' phosphorylated dG / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 4 types, 388 molecules ![](data/chem/img/XG4.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-XG4 / | ||
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#6: Chemical | ChemComp-K / | ||
#7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 / Details: KCL, BIS-TRIS, PEG 10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.697→29.084 Å / Num. obs: 54867 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.357 % / Biso Wilson estimate: 20.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 13.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4M04 Resolution: 1.697→29.084 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.34 Å2 / Biso mean: 25.6482 Å2 / Biso min: 8.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.697→29.084 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 1.6747 Å / Origin y: -3.6713 Å / Origin z: -11.9671 Å
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Refinement TLS group | Selection details: chain A or chain T or chain P or chain D |