PDB-7cnn: vinorelbine in complex with tubulin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cnn

タイトル

vinorelbine in complex with tubulin

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / Vincristinve / tubulin / protein-drug complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wang, Y.X. / Wu, C.Y.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: The high-resolution X-ray structure of vinca-domain inhibitors of microtubules provides a rational approach for drug design.
著者: Chengyong, W. / Jinghong, X. / Yanyan, W. / Qing-Jie, X. / Lingling, M. / Yuyan, L. / Hai, C. / Qian, L. / Quan, Z. / Bo, S. / Yuxi, W.

履歴

登録	2020年8月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cnn.cif.gz	912.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cnn.ent.gz	747.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cnn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7cnn_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cnn_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7cnn_validation.xml.gz	84.4 KB	表示
CIF形式データ	7cnn_validation.cif.gz	114.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/7cnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/7cnn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7cnmC 7cnoC 4i55S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5s61-d 5s5q-d 5m8g-d 5yl2-d 5ylj-d 5s4w-d 4tuy-d 5bmv-d 5s5k-d 6brf-d 5s5a-d 5s56-d 5s5i-d 7e4z-d 5ca0-d 5s59-d 7e4q-d 5la6-d 5j2t-d 5iyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (25) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (17) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.878, 156.129, 183.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質	Tubulin beta chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AGU7
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63042
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 435分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-GDF / Vinorelbine 分子量: 778.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₅₄N₄O₈ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 5% glycerol, 0.1 M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, pH 6.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.498→50 Å / Num. obs: 104536 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.179 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.186 / Χ²: 0.964 / Net I/σ(I): 3.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	10.5	1.056	5158	0.677	0.333	1.109	0.94	99.7
2.54-2.59	12.1	0.989	5138	0.761	0.29	1.031	0.946	99.9
2.59-2.64	12.9	0.881	5183	0.806	0.25	0.917	0.951	100
2.64-2.69	13.1	0.827	5180	0.842	0.234	0.86	0.978	100
2.69-2.75	12.9	0.718	5148	0.869	0.206	0.748	0.96	99.8
2.75-2.82	12.5	0.625	5179	0.894	0.182	0.652	0.974	100
2.82-2.89	13	0.527	5171	0.927	0.15	0.548	0.986	100
2.89-2.96	13.7	0.487	5189	0.94	0.134	0.505	0.995	99.9
2.96-3.05	13.8	0.399	5198	0.961	0.11	0.414	1.004	100
3.05-3.15	13.7	0.335	5175	0.971	0.093	0.348	1.009	100
3.15-3.26	13.4	0.281	5219	0.978	0.079	0.292	1.011	99.9
3.26-3.39	12.8	0.236	5203	0.984	0.068	0.245	1.027	100
3.39-3.55	13	0.19	5227	0.989	0.054	0.198	1.034	99.8
3.55-3.73	13.9	0.159	5197	0.993	0.044	0.165	1.039	100
3.73-3.97	13.8	0.127	5224	0.995	0.035	0.132	1.023	100
3.97-4.27	13.6	0.104	5247	0.996	0.029	0.108	0.958	100
4.27-4.7	12.7	0.084	5292	0.997	0.025	0.088	0.926	100
4.7-5.38	13.9	0.085	5295	0.998	0.023	0.089	0.899	100
5.38-6.78	12.9	0.095	5348	0.997	0.027	0.099	0.882	100
6.78-50	12.4	0.051	5565	0.999	0.015	0.054	0.736	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I55

4i55

解像度: 2.5→49.957 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2293	2000	1.94 %
R_work	0.1987	100940	-
obs	0.1993	102940	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 187.9 Å² / B_iso mean: 49.0326 Å² / B_iso min: 18.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→49.957 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17423	0	215	418	18056
B_iso mean	-	-	44.24	39.4	-
残基数	-	-	-	-	2200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5-2.5607	0.3382	126	0.2969	6404	89
2.5607-2.6299	0.2934	140	0.2618	7018	97
2.6299-2.7073	0.3494	143	0.263	7198	99
2.7073-2.7947	0.3031	142	0.2567	7227	100
2.7947-2.8945	0.3021	145	0.2513	7249	100
2.8945-3.0104	0.2586	143	0.2376	7253	100
3.0104-3.1474	0.2798	144	0.228	7256	100
3.1474-3.3133	0.2264	145	0.226	7311	100
3.3133-3.5208	0.2369	144	0.2073	7276	100
3.5208-3.7926	0.2172	145	0.1863	7319	100
3.7926-4.1741	0.193	145	0.1671	7344	100
4.1741-4.7777	0.199	146	0.1527	7356	100
4.7777-6.0178	0.1972	146	0.1733	7362	99
6.0178-49.957	0.1711	146	0.1673	7367	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.897	0.0577	-0.0186	2.0765	0.1985	0.992	-0.0899	0.1459	0.2772	-0.4181	0.2636	-0.2452	-0.7363	0.3349	-0.2594	0.5921	-0.1243	0.0818	0.4109	-0.0985	0.384	29.8128	96.4479	54.5777
2	1.1814	0.0104	0.292	3.103	0.5144	2.0294	-0.084	0.4262	0.3011	-0.7305	0.1406	-0.0844	-0.7999	0.1523	-0.245	0.5556	-0.0856	0.0613	0.4156	-0.0642	0.3842	29.0655	86.6419	43.1392
3	0.8545	0.4834	0.2058	2.4654	0.8773	1.5143	0.0209	0.1231	0.0211	-0.0853	0.2974	-0.5419	-0.2842	0.5469	-0.2846	0.2964	-0.0474	0.0594	0.4637	-0.1807	0.4137	35.4789	77.2863	55.6857
4	1.4376	0.1462	0.4669	1.81	0.6038	2.719	0.0547	-0.0406	0.0039	0.1239	0.0529	-0.0667	-0.2044	0.1777	-0.1443	0.2678	0.0046	0.0527	0.2526	-0.0625	0.264	21.5175	83.6195	65.338
5	0.8527	0.7598	-0.4101	1.3687	0.8852	2.4206	0.2428	-0.0381	0.0984	0.1089	-0.1567	0.2605	-0.3414	-0.3228	-0.0519	0.3229	0.0214	0.0797	0.2588	-0.0826	0.3463	9.5411	83.8175	72.3363
6	0.4738	-0.0064	0.1812	2.6342	1.3388	1.8551	-0.0258	-0.1224	0.0638	0.4057	0.0903	0.0535	-0.0697	0.046	-0.1299	0.3003	0.0056	0.0443	0.2693	-0.051	0.2614	19.2515	82.405	73.9326
7	1.041	0.2417	-0.0509	2.0619	1.7056	3.7188	-0.1553	-0.1282	-0.1516	0.4321	0.2577	-0.3758	0.4216	0.6719	-0.2376	0.2958	0.1166	-0.076	0.3894	-0.1188	0.4263	32.1944	61.0226	62.0754
8	1.7462	-0.7226	-0.5042	2.9396	0.4365	2.4017	0.0102	0.0412	0.2277	-0.1887	0.1558	-0.01	-0.4756	-0.0643	-0.0334	0.2595	-0.0459	0.0354	0.18	-0.0198	0.2508	16.4838	65.6123	22.7171
9	1.326	-0.1842	0.548	1.1673	0.3874	2.6639	0.0575	0.2343	0.7886	-0.4985	0.008	-0.135	-1.1781	0.0375	-0.0964	0.7218	-0.0046	0.0398	0.35	-0.0187	0.5399	15.7038	79.5191	23.5911
10	0.823	-0.4682	-0.553	2.7567	0.5845	1.9731	0.1041	0.1907	0.168	-0.463	0.0167	-0.0479	-0.5644	0.233	-0.139	0.3648	-0.0544	0.0189	0.3965	-0.0235	0.3123	24.5574	60.4467	14.0907
11	0.8315	-0.2439	-0.1561	1.7409	0.9791	1.5911	0.0092	-0.0913	0.0774	-0.0359	0.1006	-0.1755	-0.1433	0.2214	-0.1247	0.2024	-0.0078	0.0163	0.2902	-0.0645	0.2836	24.119	52.869	26.2161
12	0.5648	0.0968	-0.0173	1.4444	1.4114	2.3116	0.0286	-0.0662	0.0038	-0.0691	-0.1621	0.1574	-0.0723	-0.3164	0.0402	0.2005	0.0124	-0.0023	0.2771	-0.0629	0.3181	6.828	55.7823	27.9832
13	0.8449	-0.3157	0.2276	1.5964	0.0092	1.9666	-0.0759	-0.0511	0.0659	0.0632	0.0644	-0.0985	-0.1323	0.0023	-0.078	0.2119	0.0041	0.0077	0.2837	-0.0789	0.2827	19.2916	61.1189	39.9474
14	1.5408	0.0621	0.2862	2.026	1.1216	1.5935	-0.072	-0.0542	0.0885	-0.0921	-0.0978	0.2792	-0.1389	-0.4541	0.0563	0.1739	0.0343	0.0049	0.3359	-0.0905	0.3048	4.2084	61.5448	42.7442
15	0.3487	-0.4748	-0.0477	1.266	1.5731	1.634	-0.0197	-0.0412	0.0393	0.1834	-0.0315	0.1679	0.1875	-0.0555	0.042	0.1811	0.0024	0.0414	0.2031	-0.0125	0.2354	14.0422	43.4113	34.159
16	0.5537	0.6001	-0.1543	1.1678	1.145	2.8015	-0.1143	-0.1613	-0.24	0.2294	0.001	0.0072	0.2559	0.4694	-0.1317	0.2791	0.0586	-0.0446	0.3023	-0.0218	0.3644	24.5539	38.2907	31.9894
17	1.87	-0.9713	0.1486	2.7977	-0.0029	1.0512	-0.0126	0.2016	0.185	-0.4015	-0.0215	0.0813	-0.2852	-0.0065	0.0031	0.3181	-0.08	0.0171	0.3264	0.0173	0.256	15.1925	38.7791	-16.0173
18	0.6835	0.1177	0.1759	2.018	0.7853	1.9901	-0.0843	0.1099	0.0424	-0.2229	0.2078	-0.2789	-0.1612	0.2763	-0.1084	0.2215	-0.0556	0.0397	0.3235	-0.0497	0.2905	27.5478	29.6601	-10.1791
19	0.5941	-0.9016	-0.5056	1.6969	0.1222	1.3815	-0.1092	0.1327	-0.003	0.06	0.0653	0.2666	0.1169	-0.0876	0.08	0.2625	-0.0208	0.0262	0.2627	-0.0049	0.2612	12.1979	20.6194	-4.8205
20	0.7353	-0.3018	0.2602	0.2211	0.414	1.5711	0.004	-0.0079	0.1057	-0.0449	-0.0763	0.2568	0.0391	-0.3929	0.136	0.2123	-0.0281	0.0113	0.303	-0.0276	0.3131	3.4889	30.7005	2.2949
21	2.1752	-0.7894	-0.0692	1.1146	0.3218	1.4364	-0.0477	-0.2444	0.1007	-0.0972	0.0807	0.2733	0.1046	-0.4237	0.1442	0.2592	-0.0976	0.005	0.2836	-0.0742	0.3629	0.3421	34.6117	8.8567
22	0.7949	-0.5941	-0.2622	1.2226	0.6047	1.4068	-0.1001	-0.0092	-0.0393	0.1526	0.108	0.0016	0.3023	0.089	-0.0048	0.2896	-0.024	0.0052	0.2393	-0.0341	0.3089	19.6195	13.1173	2.8008
23	1.9265	-0.133	0.4233	1.3985	-0.4226	2.4154	-0.0614	0.8299	0.1547	-0.5761	0.039	0.0799	-0.0796	-0.3686	0.063	0.482	-0.1275	0.0225	0.731	-0.07	0.3738	16.7351	8.7147	-44.0561
24	0.931	-0.3116	-0.1141	1.9379	-0.2976	1.553	-0.1322	0.5543	-0.1505	-0.4932	-0.0415	-0.2632	0.2175	0.1658	-0.0866	0.5994	-0.1404	0.1695	0.73	-0.2097	0.5009	33.2347	-1.6636	-43.7427
25	1.5646	-0.0989	-0.5826	1.1923	0.2416	2.3649	-0.2334	0.3407	-0.3059	-0.2726	0.0732	-0.0113	0.4888	-0.2253	0.0462	0.5223	-0.1389	0.1022	0.5075	-0.1962	0.374	20.144	-6.1694	-33.8694
26	0.8003	0.1003	-0.0177	0.7522	0.6691	2.0693	-0.2759	0.387	-0.2101	-0.1908	0.1173	0.0999	0.0762	-0.2441	0.0595	0.3567	-0.0923	0.0742	0.4216	-0.0924	0.3912	17.4754	5.7692	-22.9
27	1.21	0.2578	-0.3428	1.4282	1.2398	1.5907	-0.2077	0.4199	-0.2771	-0.1061	-0.0944	0.3816	0.3398	-0.614	0.1922	0.4301	-0.1498	0.0553	0.5642	-0.1448	0.4537	3.2451	-0.1738	-20.2228
28	1.0391	0.6758	-0.8053	1.3191	0.1104	2.3767	-0.3438	0.114	-0.7247	-0.0509	0.1481	0.054	0.7676	0.0341	0.1156	0.6641	-0.1254	0.1708	0.4766	-0.2189	0.5795	18.0774	-15.3056	-25.2836
29	1.8723	-0.3533	-0.825	1.7993	0.4072	2.3894	-0.5082	0.1188	-0.8093	0.142	0.0191	-0.0852	0.811	0.4276	-0.009	0.6485	0.0029	0.1725	0.3875	-0.1922	0.5775	29.5686	-16.9713	-23.6936
30	1.1226	0.0347	0.1771	0.8796	1.4169	1.621	-0.0131	-0.2163	0.2004	0.2679	0.0594	-0.3063	0.2221	0.4429	-0.2556	0.6308	-0.0881	0.0495	0.5111	-0.1215	0.477	27.9405	91.8196	82.7197
31	0.3467	0.0145	-0.1861	1.169	1.054	1.4376	-0.0825	-0.0215	-0.0382	0.2044	0.4692	-0.4169	0.4001	0.5431	-0.3173	0.2879	0.0218	0.0342	0.4993	-0.1435	0.5118	42.4278	27.2188	4.4097
32	1.703	0.1803	-1.9701	0.9324	-1.6182	3.3188	-0.2254	-0.4388	-0.4502	0.2319	-0.0455	-0.295	0.466	0.6826	0.0032	0.4818	0.0694	0.0139	0.3158	0.047	0.4341	11.436	57.7097	87.0717
33	1.0785	1.5334	-1.3617	2.3755	-0.1028	2.2992	-0.156	-0.6983	-0.9114	0.6527	-0.006	-0.5184	0.7023	0.8859	0.001	0.8133	0.246	0.1708	0.6591	0.1926	0.7286	7.6965	49.8772	101.8324
34	0.3679	0.9799	-1.1205	0.9201	-0.0679	1.9679	-0.4814	-0.0924	-0.63	0.3693	0.237	-0.1523	0.9531	0.1876	0.1157	0.9292	0.1465	0.2114	0.5098	0.104	0.7093	-3.0378	48.1581	100.9608
35	1.9642	0.1844	-1.3135	0.7066	0.1146	2.8711	-0.1528	-0.1066	-0.247	0.3169	0.1121	-0.0274	0.3958	-0.0859	0.1301	0.5349	0.0041	0.0891	0.3422	0.0159	0.4323	-1.1044	59.4073	86.9465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 72 )	A	1 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 102 )	A	73 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 199 )	A	103 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 200 through 273 )	A	200 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 274 through 311 )	A	274 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 28 )	B	1 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 29 through 59 )	B	29 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 60 through 128 )	B	60 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 129 through 197 )	B	129 - 197
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 198 through 243 )	B	198 - 243
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 244 through 273 )	B	244 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 274 through 372 )	B	274 - 372
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 373 through 401 )	B	373 - 401
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 402 through 440 )	B	402 - 440
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1 through 102 )	C	1 - 102
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 103 through 161 )	C	103 - 161
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 162 through 223 )	C	162 - 223
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 224 through 311 )	C	224 - 311
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 312 through 372 )	C	312 - 372
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 373 through 440 )	C	373 - 440
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 2 through 88 )	D	2 - 88
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 89 through 127 )	D	89 - 127
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 128 through 238 )	D	128 - 238
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 239 through 268 )	D	239 - 268
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 269 through 372 )	D	269 - 372
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 373 through 401 )	D	373 - 401
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 402 through 441 )	D	402 - 441
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 47 through 142 )	E	47 - 142
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 1 through 151 )	F	1 - 151
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 152 through 235 )	F	152 - 235
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 236 through 297 )	F	236 - 297
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 298 through 384 )	F	298 - 384

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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