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- PDB-7cn3: 2,5-dihydroxypridine Dioxygenase in complex with 2,5-dihydroxypri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cn3
タイトル2,5-dihydroxypridine Dioxygenase in complex with 2,5-dihydroxypridine and product N-formylmaleamic acid
要素2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidoreductase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase / 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase activity / nicotinate catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chem-D6O / : / 5-oxidanyl-1H-pyridin-2-one / TRIETHYLENE GLYCOL / 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, G.Q. / Tang, H.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: 2,5-dihydroxypridine Dioxygenase in complex with 2,5-dihydroxypridine and product N-formylmaleamic acid
著者: Liu, G.Q. / Tang, H.Z.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
B: 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
C: 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
D: 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
E: 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
F: 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,40228
ポリマ－243,5406
非ポリマー1,86322
水16,898938
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23080 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area66800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.673, 145.510, 118.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase / 2 / 5-DHP dioxygenase / Nicotinate degradation protein X


分子量: 40589.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
株: KT2440 / 遺伝子: nicX, PP_3945 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q88FY1, 2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase

-
非ポリマー , 6種, 960分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-D6O / (~{Z})-4-formamido-4-oxidanylidene-but-2-enoic acid


分子量: 143.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-G6C / 5-oxidanyl-1H-pyridin-2-one / 2,5-ピリジンジオ-ル


分子量: 111.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 938 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / Density meas: 47.17 Mg/m3 / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Succinic acid pH7.0 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 113279 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 5529 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KOH

6koh
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→27.59 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 5561 4.99 %
Rwork0.1832 105797 -
obs0.186 111358 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.69 Å2 / Biso mean: 35.8463 Å2 / Biso min: 14.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→27.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16360 0 110 938 17408
Biso mean--49.83 38.86 -
残基数----2090
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2250.31251690.2415347499
2.225-2.25120.3161740.2295346699
2.2512-2.27860.28541720.2218347199
2.2786-2.30740.27481660.2207352099
2.3074-2.33780.29052190.22273485100
2.3378-2.36980.28861860.22413445100
2.3698-2.40360.32561970.23463488100
2.4036-2.43950.30041880.2293517100
2.4395-2.47760.28731850.2131349299
2.4776-2.51820.28041990.21183468100
2.5182-2.56160.29091960.21713485100
2.5616-2.60810.29651590.20853547100
2.6081-2.65820.25811860.20843485100
2.6582-2.71240.31121700.20913558100
2.7124-2.77140.28431720.20143528100
2.7714-2.83580.25451960.20753514100
2.8358-2.90660.28252150.20493476100
2.9066-2.98510.28271820.20243542100
2.9851-3.07280.25661690.20223535100
3.0728-3.17190.28372010.21593519100
3.1719-3.28510.25811710.20573547100
3.2851-3.41640.23441900.19143546100
3.4164-3.57150.25581910.17883519100
3.5715-3.75940.21461550.16813583100
3.7594-3.99430.20371920.16453552100
3.9943-4.30160.17362050.14443559100
4.3016-4.73260.17651870.13393594100
4.7326-5.41290.16821720.13883619100
5.4129-6.80270.20211920.16343628100
6.8027-27.590.19862050.1521363596
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.4446 Å / Origin y: 33.405 Å / Origin z: 89.3904 Å
111213212223313233
T0.1836 Å20.0036 Å20.0318 Å2-0.1377 Å2-0.0061 Å2--0.1871 Å2
L0.6528 °2-0.0114 °20.385 °2-0.3099 °20.0084 °2--0.7529 °2
S0.005 Å °0.072 Å °-0.029 Å °-0.0654 Å °-0.0086 Å °0.0033 Å °0.0758 Å °0.0331 Å °0.0048 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 2001
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 2001
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 2001
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 2001
5X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 2001
6X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 2001
7X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 938
8X-RAY DIFFRACTION1allW939 - 940
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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