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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cm0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a glutaminyl cyclase in complex with NHV-1009 | ||||||
要素 | Glutaminyl-peptide cyclotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / glutaminyl cyclases (QCs) / Alzheimer disease (アルツハイマー病) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / protein modification process / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, J.W. / Song, J.Y. / Jang, T.H. / Ha, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery of highly potent human glutaminyl cyclase (QC) inhibitors as anti-Alzheimer's agents by the combination of pharmacophore-based and structure-based design. 著者: Van Manh, N. / Hoang, V.H. / Ngo, V.T.H. / Ann, J. / Jang, T.H. / Ha, J.H. / Song, J.Y. / Ha, H.J. / Kim, H. / Kim, Y.H. / Lee, J. / Lee, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cm0.cif.gz | 270.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cm0.ent.gz | 215.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cm0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ywyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37399.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QPCT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q16769, glutaminyl-peptide cyclotransferase #2: 化合物 | ChemComp-G5R / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 4M Ammonium acetate, pH 7.0, 0.1M Bis-Tris propane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→35.47 Å / Num. obs: 77174 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.861 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 35430 / CC1/2: 0.861 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YWY 解像度: 2.2→33.74 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å
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