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- PDB-7cla: Crystal structure of HTH-type transcriptional regulator SkgA from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cla
タイトルCrystal structure of HTH-type transcriptional regulator SkgA from Caulobacter crescentus
要素HTH-type transcriptional regulator SkgA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TipA-class protein / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) / MerR-like transcriptional regulator / Homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TipA-like multidrug resistance regulator, antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / MerR family regulatory protein / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator SkgA
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (カウロバクター・クレセンタス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jiang, X. / Zhang, L. / Teng, M. / Li, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31130018 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2012CB917200 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Antibiotic binding releases autoinhibition of the TipA multidrug-resistance transcriptional regulator.
著者: Jiang, X. / Zhang, L. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2020年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator SkgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9691
ポリマ－29,9691
非ポリマー00
水93752
1
A: HTH-type transcriptional regulator SkgA

A: HTH-type transcriptional regulator SkgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9382
ポリマ－59,9382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area5420 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.572, 89.572, 88.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator SkgA / Stationary-phase regulation of KatG protein


分子量: 29968.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (カウロバクター・クレセンタス)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: skgA, CC_0694 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CAV4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.15 % / 解説: rod-like shape
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 13% ethanol, 100 mM NaCl, 5% MPD and 100 mM Tris-HCl pH 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→77.57 Å / Num. obs: 7759 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.145 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 742 / CC1/2: 0.748 / CC star: 0.925 / Rpim(I) all: 0.299 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
MOLREP位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 3QAO

3qao


解像度: 2.5→44.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 17.412 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 383 5.2 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2123 7010 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.4 Å2 / Biso mean: 40.816 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.13 Å2-0 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1117 0 0 52 1169
Biso mean---38.28 -
残基数----139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131138
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8031.6421538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4111.5852442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5765138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52820.875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.57615195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.1811513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02261
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 14 -
Rwork0.353 311 -
all-325 -
obs--58.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.1197 Å / Origin y: 39.5637 Å / Origin z: 47.026 Å
111213212223313233
T0.0498 Å20.0233 Å2-0.0172 Å2-0.0193 Å2-0.0121 Å2--0.0243 Å2
L0.1182 °20.1225 °20.2087 °2-0.6232 °20.852 °2--1.5745 °2
S0.0115 Å °-0.0017 Å °0.0293 Å °0.1067 Å °0.0247 Å °0.0243 Å °0.2363 Å °0.098 Å °-0.0362 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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