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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cjp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of metal-free state of glucose isomerase | |||||||||
![]() | Xylose isomerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / glucose isomerase / metal-free state | |||||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nam, K.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the metal-free state of glucose isomerase reveals its minimal open configuration for metal binding. 著者: Nam, K.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 311.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 255.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 % |
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結晶化 | 温度: 298.5 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, ammonium sulfate, magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 126047 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.939 / CC star: 0.984 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 6227 / CC1/2: 0.542 / CC star: 0.838 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6IRK 解像度: 1.5→49.46 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.47 Å2 / Biso mean: 15.0541 Å2 / Biso min: 1.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→49.46 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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