PDB-7ch3: Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ch3

タイトル

Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic bacterium Thermotoga maritima (TMAI) triple mutant (K264A, E265A, K266A)

要素

L-arabinose isomerase

キーワード

ISOMERASE / Arabinose isomerase from hyperthermophile

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.61 Å

データ登録者

Cao, T.P. / Dhanasingh, I. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Arabinose isomerase from hyper thermophilic bacterium Thermotoga maritima (TMAI) triple mutant (K264A, E265A, K266A)
著者: Cao, T.P. / Dhanasingh, I. / Sung, J.Y. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H.

履歴

登録	2020年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ch3.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ch3.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ch3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/7ch3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/7ch3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hxgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ch3-2 7cwv-2 7cyy-1 7cwv-1 4f2d-1 2hxg-1 7cxo-d 7chl-2 4r1p-d 2ajt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-arabinose isomerase

B: L-arabinose isomerase

C: L-arabinose isomerase

D: L-arabinose isomerase

E: L-arabinose isomerase

F: L-arabinose isomerase

G: L-arabinose isomerase

H: L-arabinose isomerase

I: L-arabinose isomerase

J: L-arabinose isomerase

K: L-arabinose isomerase

L: L-arabinose isomerase

ヘテロ分子

680 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-arabinose isomerase

B: L-arabinose isomerase

C: L-arabinose isomerase

D: L-arabinose isomerase

F: L-arabinose isomerase

H: L-arabinose isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
340 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-arabinose isomerase

G: L-arabinose isomerase

I: L-arabinose isomerase

J: L-arabinose isomerase

K: L-arabinose isomerase

L: L-arabinose isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
340 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.424, 113.913, 160.833
Angle α, β, γ (deg.)	81.080, 81.150, 88.890
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	(chain B and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
3	1	(chain C and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
4	1	(chain D and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
5	1	(chain E and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
6	1	(chain F and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
7	1	(chain G and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
8	1	(chain H and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
9	1	(chain I and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
10	1	(chain J and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
11	1	(chain K and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))
12	1	(chain L and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LYS	LYS	chain A	A	A	1 - 495	1 - 495
2	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain B and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	B	B	1 - 218	1 - 218
2	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain B and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	B	B	245 - 495	245 - 495
3	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain C and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	C	C	1 - 218	1 - 218
3	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain C and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	C	C	245 - 495	245 - 495
4	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain D and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	D	D	1 - 218	1 - 218
4	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain D and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	D	D	245 - 495	245 - 495
5	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain E and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	E	E	1 - 218	1 - 218
5	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain E and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	E	E	245 - 495	245 - 495
6	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain F and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	F	F	1 - 218	1 - 218
6	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain F and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	F	F	245 - 495	245 - 495
7	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain G and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	G	G	1 - 218	1 - 218
7	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain G and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	G	G	245 - 495	245 - 495
8	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain H and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	H	H	1 - 218	1 - 218
8	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain H and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	H	H	245 - 495	245 - 495
9	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain I and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	I	I	1 - 218	1 - 218
9	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain I and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	I	I	245 - 495	245 - 495
10	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain J and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	J	J	1 - 218	1 - 218
10	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain J and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	J	J	245 - 495	245 - 495
11	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain K and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	K	K	1 - 218	1 - 218
11	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain K and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	K	K	245 - 495	245 - 495
12	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain L and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	L	L	1 - 218	1 - 218
12	2	SER	SER	LYS	LYS	(chain L and (resid 1 through 218 or resid 245 through 495))	L	L	245 - 495	245 - 495

#1: タンパク質	L-arabinose isomerase 分子量: 56561.984 Da / 分子数: 12 / 変異: K264A, E265A, K266A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 遺伝子: araA, TM_0276 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYB3, L-arabinose isomerase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris pH 8.5, 2% Tacismate pH 8, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 68198 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.707 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 252359

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.6-3.66	3.6	0.486	3369	0.632	0.297	0.571	1	97.3
3.66-3.73	3.7	0.411	3374	0.686	0.254	0.485	1.015	97.8
3.73-3.8	3.6	0.347	3428	0.854	0.211	0.407	0.794	97.9
3.8-3.88	3.7	0.367	3359	0.888	0.223	0.431	0.819	98.1
3.88-3.96	3.7	0.274	3452	0.92	0.166	0.321	0.767	98.2
3.96-4.05	3.7	0.226	3365	0.932	0.138	0.265	0.764	98.6
4.05-4.16	3.7	0.199	3394	0.947	0.121	0.233	0.79	98.5
4.16-4.27	3.7	0.168	3400	0.929	0.102	0.198	0.849	99
4.27-4.39	3.7	0.138	3494	0.89	0.085	0.163	1.039	99.2
4.39-4.54	3.8	0.099	3425	0.97	0.06	0.116	0.733	99.3
4.54-4.7	3.8	0.075	3402	0.98	0.045	0.087	0.768	99.2
4.7-4.89	3.8	0.062	3469	0.979	0.036	0.072	0.629	99.4
4.89-5.11	3.8	0.058	3430	0.981	0.034	0.067	0.584	99.5
5.11-5.38	3.8	0.056	3433	0.98	0.033	0.065	0.57	99.5
5.38-5.71	3.8	0.057	3448	0.973	0.034	0.067	0.568	99.6
5.71-6.15	3.8	0.048	3450	0.976	0.028	0.056	0.502	99.6
6.15-6.77	3.8	0.038	3458	0.983	0.022	0.044	0.481	99.7
6.77-7.75	3.7	0.026	3426	0.989	0.016	0.031	0.457	99.7
7.75-9.75	3.6	0.021	3443	0.988	0.012	0.024	0.491	99.1
9.75-50	3.2	0.022	3179	0.989	0.014	0.026	0.543	92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HXG

2hxg

解像度: 3.61→33.11 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2799	3336	4.98 %
R_work	0.2316	63677	-
obs	0.2341	67013	96.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.2 Å² / B_iso mean: 73.6774 Å² / B_iso min: 15.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.61→33.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47398	0	18	19	47435
B_iso mean	-	-	90.91	35.7	-
残基数	-	-	-	-	5914

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	2	B	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	3	C	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	4	D	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	5	E	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	6	F	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	7	G	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	8	H	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	9	I	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	10	J	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	11	K	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL
1	12	L	17076	X-RAY DIFFRACTION	7.063	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.61-3.66	0.3004	98	0.2867	1835	1933	65
3.66-3.71	0.3425	128	0.2906	2336	2464	85
3.71-3.77	0.3388	118	0.2776	2488	2606	90
3.77-3.83	0.3029	151	0.2816	2627	2778	95
3.83-3.9	0.3195	142	0.2773	2633	2775	96
3.9-3.97	0.2989	143	0.2769	2740	2883	97
3.97-4.05	0.3005	127	0.2601	2671	2798	98
4.05-4.13	0.3252	128	0.2634	2714	2842	98
4.13-4.22	0.3135	144	0.2703	2725	2869	98
4.22-4.32	0.3398	147	0.2724	2710	2857	99
4.32-4.42	0.2917	146	0.2499	2709	2855	98
4.42-4.54	0.2683	131	0.2262	2767	2898	99
4.54-4.68	0.2745	156	0.2128	2712	2868	99
4.68-4.83	0.2834	148	0.213	2743	2891	99
4.83-5	0.2678	133	0.2142	2742	2875	99
5-5.2	0.2379	156	0.2073	2760	2916	100
5.2-5.43	0.3229	128	0.2222	2760	2888	99
5.43-5.72	0.2623	140	0.2301	2740	2880	100
5.72-6.07	0.2748	156	0.2265	2726	2882	100
6.07-6.54	0.3059	138	0.2401	2746	2884	100
6.54-7.19	0.2595	169	0.2156	2749	2918	100
7.19-8.22	0.2057	138	0.1779	2740	2878	100
8.22-10.3	0.2129	155	0.1659	2724	2879	99
10.3-33.11	0.2836	116	0.212	2580	2696	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.4847 Å / Origin y: -4.1574 Å / Origin z: -16.3098 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1153 Å²	0.0087 Å²	0.1375 Å²	-	0.1342 Å²	-0.0956 Å²	-	-	0.2946 Å²
L	0.5814 °²	-0.1722 °²	0.4299 °²	-	0.3642 °²	-0.2957 °²	-	-	1.007 °²
S	-0.0247 Å °	0.0513 Å °	0.043 Å °	-0.0501 Å °	-0.0062 Å °	-0.0464 Å °	0.1275 Å °	-0.086 Å °	0.0153 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 495
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 495
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 495
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 495
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 495
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 495
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 495
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 495
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1 - 495
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1 - 495
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1 - 495
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1 - 495
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	1 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	N	1 - 19

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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