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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cg9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pilin-specific sortase SrtC1 from Lactobacillus rhamnosus GG | ||||||
![]() | Class C sortase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Pilin-specific sortase / cysteine-transpeptidase / pilus assembly / lactobacillar pilus / SpaCBA pilus / probiotics | ||||||
機能・相同性 | : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Megta, A.K. / Pratap, S. / Krishnan, V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of pilin-specific sortase SrtC1 from Lactobacillus rhamnosus GG 著者: Megta, A.K. / Pratap, S. / Krishnan, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4g1hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27253.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: F8M46_02250 / プラスミド: pET28a(+) 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A5P5ZBR6 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.94 % / 解説: Three-dimensional diamond-shaped crystals |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-Cl pH 8.0, 30% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→42.32 Å / Num. obs: 12848 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 21.9 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / CC1/2: 0.93 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 31 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1400 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.29 / Rrim(I) all: 0.89 / Χ2: 0.81 / % possible all: 70.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4G1H 解像度: 2.05→42.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.765 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→42.32 Å
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拘束条件 |
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