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- PDB-7cer: Crystal structure of D-cycloserine-bound form of cysteine desulfu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cer
タイトルCrystal structure of D-cycloserine-bound form of cysteine desulfurase SufS H121A from Bacillus subtilis
要素Cysteine desulfurase SufS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / cysteine desulfurase / PLP-dependent enzyme / cysteine metabolism / cycloserine / inhibitor / Fe-S cluster biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DCS / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Cysteine desulfurase SufS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K14510 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Cycloserine enantiomers inhibit PLP-dependent cysteine desulfurase SufS via distinct mechanisms.
著者: Nakamura, R. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1094
ポリマ－46,5201
非ポリマー5903
水2,468137
1
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2188
ポリマ－93,0392
非ポリマー1,1796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area9710 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.500, 92.500, 128.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase SufS


分子量: 46519.512 Da / 分子数: 1 / 変異: H121A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-DCS / D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE / D-PYRIDOXYL-N,O-CYCLOSERYLAMIDE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 333.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 50 mM Lithium sulfate, 50%(v/v) PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.51 Å / Num. obs: 28762 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.794 % / Biso Wilson estimate: 49.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 24.65 / Num. measured all: 281700 / Scaling rejects: 27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.410.3370.6553.8135043339033900.8880.69100
2.4-2.610.1620.4325.7754031531753170.9540.455100
2.6-39.3270.21110.9564307689768950.9890.223100
3-410.1180.06932.3475691748174810.9990.072100
4-68.9360.03456.6735075392539250.9990.036100
6-1010.220.02370.07137771348134810.024100
10-43.519.30.01676.87377641240610.01798.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZS9

5zs9


解像度: 2.3→43.51 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1439 5 %
Rwork0.1763 27323 -
obs0.1783 28762 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.36 Å2 / Biso mean: 53.5837 Å2 / Biso min: 23.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 39 137 3400
Biso mean--69.51 47.61 -
残基数----414
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.380.2641420.218726952837
2.38-2.480.26021420.204726852827
2.48-2.590.24751420.190527012843
2.59-2.730.25751420.197827032845
2.73-2.90.27171420.203326922834
2.9-3.120.28071420.192427032845
3.12-3.440.27041440.190527442888
3.44-3.930.22881440.170327292873
3.93-4.950.16621460.148927792925
4.96-43.510.16531530.166828923045
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3377-0.1530.67037.9251.32112.94310.1284-0.31440.4010.329-0.0551-0.7756-0.5290.4685-0.08010.3765-0.13660.01870.3328-0.06260.3406-26.20716.0246-13.4967
22.7648-1.72250.10126.76192.10855.10410.2541-0.0778-0.36050.3905-0.1323-0.24410.67720.0801-0.08570.39260.0468-0.04770.39280.00620.2371-31.1906-8.2944-17.4559
32.6708-1.2351-0.22263.28820.09351.92180.1381-0.34030.15510.4448-0.14260.6312-0.2224-0.36420.00970.401-0.06990.14320.3666-0.08660.4173-54.4278.4603-6.245
41.64441.05030.7943.81611.34672.8350.1401-0.0549-0.24110.2676-0.15190.48610.3079-0.3598-0.00280.3297-0.05690.02180.3109-0.0210.3838-53.1796-6.3835-13.9272
51.3471.52750.70167.23381.56631.64820.2008-0.31150.31020.6943-0.30110.3221-0.06480.00610.09960.3741-0.05210.09230.3565-0.05990.2274-39.388312.8239-6.7356
67.2583-0.4755-4.28722.6644-3.13277.1319-0.33230.60880.056-0.51640.19780.2807-0.3049-0.49360.15420.6925-0.0997-0.03630.3577-0.07170.4677-39.648729.2953-19.7333
74.9766-0.07090.27473.0690.03691.8889-0.2930.45721.0869-0.21010.11270.0211-0.87170.1320.12650.7779-0.1198-0.00650.4178-0.05740.6037-37.520233.331-17.2838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 34 )A-1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 57 )A35 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 221 )A58 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 222 through 263 )A222 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 264 through 330 )A264 - 330
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 331 through 362 )A331 - 362
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 363 through 412 )A363 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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