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万見
- PDB-7cd3: Crystal structure of the S103F mutant of Bacillus subtilis (natto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cd3
タイトルCrystal structure of the S103F mutant of Bacillus subtilis (natto) YabJ protein.
要素YabJ protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Mutant / Homotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RidA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Kimura, K.
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Tetramer formation of Bacillus subtilis YabJ protein that belongs to YjgF/YER057c/UK114 family.
著者: Fujimoto, Z. / Hong, L.T.T. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Kimura, K.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YabJ protein
B: YabJ protein
C: YabJ protein
D: YabJ protein
E: YabJ protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,88829
ポリマ－68,6385
非ポリマー2,25024
水2,378132
1
A: YabJ protein
B: YabJ protein
C: YabJ protein
D: YabJ protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,60022
ポリマ－54,9114
非ポリマー1,68918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13180 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
2
E: YabJ protein
ヘテロ分子

E: YabJ protein
ヘテロ分子

E: YabJ protein
ヘテロ分子

E: YabJ protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,15328
ポリマ－54,9114
非ポリマー2,24224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area14590 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.896, 108.598, 118.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
YabJ protein


分子量: 13727.664 Da / 分子数: 5 / 変異: S103F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195) (納豆菌)
株: BEST195 / 遺伝子: yabJ, BSNT_00084 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D4G3D4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 1 mM zinc acetate, 0.1 M citric acid buffer pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 37727 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.038 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3711 / Rpim(I) all: 0.225 / Χ2: 1.244 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y6U

5y6u


解像度: 2.1→80.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.27 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25321 1950 5.3 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.19753 35062 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→80.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4443 0 134 132 4709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.9716302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9639981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8055572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67225.817208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.47415761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6491510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7523.7532294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.743.7512293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2785.6092861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.285.6112862
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2564.2192359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2544.2192359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1466.1663440
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.14845.5825017
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.14845.5815015
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 128 -
Rwork0.278 2583 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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