PDB-5y6u: Crystal structure of wild-type YabJ protein from Bacillus subtili...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y6u

タイトル

Crystal structure of wild-type YabJ protein from Bacillus subtilis (natto).

要素

YabJ protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Homotrimer

機能・相同性

機能・相同性情報

deaminase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Kimura, K.

引用

ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Tetramer formation of Bacillus subtilis YabJ protein that belongs to YjgF/YER057c/UK114 family.
著者: Fujimoto, Z. / Hong, L.T.T. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Kimura, K.

履歴

登録	2017年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y6u.cif.gz	97.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y6u.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y6u_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y6u_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	5y6u_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	5y6u_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cd2C 7cd3C 7cd4C 1qd9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qd9-d 3r0p-1 5v32-d 2cvl-2 1vd5-d 5inj-d 6zej-3 4v1r-1 5yu2-1 3k0t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YabJ protein

B: YabJ protein

C: YabJ protein

ヘテロ分子

41.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.767, 53.767, 203.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	YabJ protein 分子量: 13667.567 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195) (納豆菌) 株: BEST195 / 遺伝子: yabJ, BSNT_00084 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D4G3D4
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 22.5% PEG 3350, 0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 53138 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / B_iso Wilson estimate: 12 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 57.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 21.7 % / R_merge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 2636 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QD9

1qd9

解像度: 1.5→46.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.166 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18024	2699	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16059	-	-	-
obs	0.1616	50332	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→46.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2856	0	24	552	3432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.169	1.954	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.114	3	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.026	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.912	25.802	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.265	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.643	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.602	1.289	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.601	1.287	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.067	1.925	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.067	1.926	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.672	1.383	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.671	1.383	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.096	2.04	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.021	17.783	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.878	17.376	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	188	-
R_work	0.201	3686	-
obs	-	-	99.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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