PDB-7ccl: Crystal structure of human BFK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ccl

タイトル

Crystal structure of human BFK

要素

Bcl-2-like protein 15

キーワード

APOPTOSIS (アポトーシス) / BCL-2 family kin

機能・相同性

Bcl-2-like protein 15 / Bcl-2-like superfamily / regulation of apoptotic process / apoptotic process /

細胞核 /

細胞質基質 / Bcl-2-like protein 15

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Jang, D.M. / Oh, E.K. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analyses on human BFK, a Novel BCL-2 Family Member.
著者: Jang, D.M. / Oh, E.K. / Han, B.W.

履歴

登録	2020年6月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin / Item: _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ccl.cif.gz	96.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ccl.ent.gz	70 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ccl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7ccl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ccmSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ccm-1 5vbz-1 4lrw-3 2hna-d 6mta-2 6gxg-3 5uwl-1 1yso-d 2inb-d 3lo5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 15

B: Bcl-2-like protein 15

C: Bcl-2-like protein 15

59.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bcl-2-like protein 15

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bcl-2-like protein 15

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bcl-2-like protein 15

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.500, 116.500, 27.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 15 / BFK / Bcl2-L-15 分子量: 19907.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L15, C1orf178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TBC7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 28% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97957 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5386
pseudo-merohedral	2	1	-h,-k,l	2	0.4614

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 11459 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 878 / CC_1/2: 0.599 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CCM

7ccm

解像度: 2.7→29.125 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 9.866 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1901	578	5.055 %
R_work	0.1579	10856	-
all	0.16	-	-
obs	-	11434	99.331 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	17.984 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	17.984 Å²	0 Å²
3-	-	-	-35.968 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3306	0	0	11	3317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.167	1.627	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.035	1.564	7238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.066	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.774	25.031	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.816	15	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.14	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.022	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.156	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.157	0.2	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.133	0.2	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.081	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.052	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.647	7.054	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.647	7.054	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.227	10.575	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.227	10.575	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.311	7.069	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.311	7.068	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.669	10.582	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.669	10.582	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.829	84.332	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.828	84.34	3704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.269	56	0.235	797	X-RAY DIFFRACTION	97.9334
2.77-2.845	0.274	38	0.232	744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-2.927	0.286	22	0.211	794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.927-3.016	0.208	22	0.212	753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.016-3.114	0.307	30	0.205	736	X-RAY DIFFRACTION	98.8387
3.114-3.222	0.25	44	0.181	668	X-RAY DIFFRACTION	99.5804
3.222-3.342	0.167	38	0.197	682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.342-3.476	0.158	30	0.173	662	X-RAY DIFFRACTION	99.4253
3.476-3.629	0.211	40	0.155	570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.629-3.803	0.228	34	0.14	593	X-RAY DIFFRACTION	99.8408
3.803-4.005	0.209	36	0.139	563	X-RAY DIFFRACTION	98.8449
4.005-4.244	0.191	22	0.144	515	X-RAY DIFFRACTION	100
4.244-4.53	0.134	24	0.123	522	X-RAY DIFFRACTION	99.635
4.53-4.884	0.196	30	0.139	441	X-RAY DIFFRACTION	97.7178
4.884-5.336	0.279	35	0.157	429	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
5.336-5.942	0.082	16	0.187	389	X-RAY DIFFRACTION	97.5904
5.942-6.817	0.139	18	0.162	343	X-RAY DIFFRACTION	97.832
6.817-8.243	0.127	22	0.117	274	X-RAY DIFFRACTION	99.6633
8.243-11.241	0.125	14	0.094	230	X-RAY DIFFRACTION	99.5918
11.241-29.125	0.158	7	0.185	151	X-RAY DIFFRACTION	99.3711

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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