PDB-7cc3: Versatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cc3

タイトル

Versatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei (crystal type: co-FG)

要素

cis-prenyltransferase MM_0014

キーワード

TRANSFERASE / cis-prenyltransferase / Methanosarcina mazei / / Isoprenoid / MM_0014 / archaea / farnesylglycerol

機能・相同性

Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DIPHOSPHATE / Chem-FQ0 / Chem-FQF / Chem-FV3 / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Unno, H. / Hemmi, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A versatile cis-prenyltransferase from Methanosarcina mazei catalyzes both C- and O-prenylations.
著者: Okada, M. / Unno, H. / Emi, K.I. / Matsumoto, M. / Hemmi, H.

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cc3.cif.gz	388.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cc3.ent.gz	308.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cc3_validation.pdf.gz	7.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cc3_full_validation.pdf.gz	7.9 MB	表示
XML形式データ	7cc3_validation.xml.gz	73.5 KB	表示
CIF形式データ	7cc3_validation.cif.gz	97.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7cc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7cc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7caqSC 7carC 7casC 7cavC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cav-3 7cav-1 7cav-4 1n59-2 5acz-d 2vzx-3 4qgh-d 3guh-d 6uyk-2 5knn-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cis-prenyltransferase MM_0014

B: cis-prenyltransferase MM_0014

C: cis-prenyltransferase MM_0014

D: cis-prenyltransferase MM_0014

E: cis-prenyltransferase MM_0014

F: cis-prenyltransferase MM_0014

G: cis-prenyltransferase MM_0014

H: cis-prenyltransferase MM_0014

ヘテロ分子

214 kDa, 8 ポリマー
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1

A: cis-prenyltransferase MM_0014

B: cis-prenyltransferase MM_0014

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: cis-prenyltransferase MM_0014

D: cis-prenyltransferase MM_0014

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: cis-prenyltransferase MM_0014

F: cis-prenyltransferase MM_0014

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: cis-prenyltransferase MM_0014

H: cis-prenyltransferase MM_0014

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.048, 99.221, 193.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	cis-prenyltransferase MM_0014 分子量: 25688.492 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 813分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FQ0 / 2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propane-1,3-diol / 2-[[(2E,6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル]オキシ]-1,3-プロパンジオ-ル分子量: 296.445 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FQF / (2R)-3-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propane-1,2-diol 分子量: 296.445 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-FV3 / (2S)-3-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propane-1,2-diol 分子量: 296.445 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.075 M succinic acid, pH7.0, 11% PEG 3350, and 25% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→48.5 Å / Num. obs: 202517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 42.6
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / R_merge(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 9927 / CC_1/2: 0.672

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CAQ

7caq

解像度: 1.72→48.062 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 0.98 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2129	9998	4.934 %
R_work	0.1963	192628	-
all	0.197	-	-
obs	-	202517	99.64 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.024 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13859	0	556	781	15196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	14723
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.685	19808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.297	1.657	32830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.184	5	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.758	21.788	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.63	15	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.884	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	16051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	13212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	6813
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	6202
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.137	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.712	3.273	6786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.712	3.273	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.569	4.9	8455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.569	4.9	8455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.976	3.526	7937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.976	3.526	7938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.095	5.189	11352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.095	5.188	11353
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.017	37.856	16319
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.988	37.704	16201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.762	0.103	681	0.086	13502	X-RAY DIFFRACTION	95.1943
1.762-1.81	0.109	748	0.083	13783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.863	0.12	746	0.099	13418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.863-1.92	0.139	658	0.123	13023	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.983	0.169	637	0.152	12738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.983-2.052	0.198	641	0.176	12223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.13	0.219	652	0.194	11804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.217	0.234	597	0.208	11406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.217-2.315	0.252	532	0.213	10992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.315-2.428	0.234	580	0.219	10431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.428-2.56	0.225	510	0.214	9992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.715	0.236	457	0.218	9464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-2.902	0.235	475	0.223	8916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.902-3.134	0.253	428	0.23	8292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.134-3.433	0.232	401	0.221	7676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.433-3.838	0.238	318	0.206	7015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.838-4.43	0.188	309	0.18	6181	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.423	0.171	279	0.176	5260	X-RAY DIFFRACTION	100
5.423-7.657	0.247	217	0.217	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
7.657-48.062	0.197	132	0.19	2383	X-RAY DIFFRACTION	99.3678

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