PDB-7car: Versatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7car

タイトル

Versatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei (crystal type: free+IPP)

要素

cis-prenyltransferase, MM_0014

キーワード

TRANSFERASE / cis-prenyltransferase / Methanosarcina mazei / IPP / Isoprenoid / MM_0014 / archaea

機能・相同性

Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / PALMITIC ACID / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Unno, H. / Hemmi, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A versatile cis-prenyltransferase from Methanosarcina mazei catalyzes both C- and O-prenylations.
著者: Okada, M. / Unno, H. / Emi, K.I. / Matsumoto, M. / Hemmi, H.

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7car.cif.gz	102.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7car.ent.gz	76.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7car.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7car_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7car_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7car_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	7car_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7car ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7car	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7caqSC 7casC 7cavC 7cc3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ap6-2 4fqd-2 4ap6-4 5k42-d 7cav-3 5v0t-1 4ap6-3 5k5c-d 5v0t-7 4fqd-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: cis-prenyltransferase, MM_0014

B: cis-prenyltransferase, MM_0014

ヘテロ分子

52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.940, 100.420, 129.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	16 - 65
2	1	1	1	B	16 - 65
1	2	1	1	A	80 - 125
2	2	1	1	B	80 - 125
1	3	1	1	A	160 - 220
2	3	1	1	B	160 - 220
1	4	1	1	A	67 - 78
2	4	1	1	B	67 - 78

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.397643, 0.830639, 0.389769), (0.837546, 0.155122, 0.523883), (0.374696, 0.534768, -0.757381)	-3.20734, -1.02901, 7.08155

#1: タンパク質	cis-prenyltransferase, MM_0014 分子量: 25688.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE 分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID 分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS 24771896 FOR THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 4 mM cobalt (II) chloride, 4 mM nickel (II) chloride, 4 mM cadmium chloride, 4 mM magnesium chloride, 0.075 M HEPES, pH7.5, 9% PEG 3350, 25% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→64.8 Å / Num. obs: 36516 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.98→2.09 Å / R_merge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 5267 / CC_1/2: 0.856

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CAQ

7caq

解像度: 1.98→39.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25878	1847	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21953	-	-	-
obs	0.22145	34644	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.366 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.98→39.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3356	0	42	147	3545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3475
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.648	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.239	1.58	7610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.548	5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.006	21.675	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.557	15	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.475	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.671	4.373	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.668	4.371	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.175	6.546	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.175	6.548	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.312	4.934	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.312	4.939	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.652	7.192	2641
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.303	51.156	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.308	51.118	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 2693 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 7.05 Å / Weight position: 0.5

LS精密化シェル

解像度: 1.981→2.032 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	122	-
R_work	0.309	2543	-
obs	-	-	99.48 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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