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- PDB-7cav: Versatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cav
タイトルVersatile cis-prenyltransferase MM_0014 from Methanosarcina mazei (crystal type: co-FG+DMAPP)
要素cis-prenyltransferase MM_0014
キーワードTRANSFERASE / cis-prenyltransferase / Methanosarcina mazei / Isoprenoid / MM_0014 / archaea / farnesylglycerol
機能・相同性Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / DIPHOSPHATE / Chem-FQ0 / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Unno, H. / Hemmi, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H05437 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04651 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A versatile cis-prenyltransferase from Methanosarcina mazei catalyzes both C- and O-prenylations.
著者: Okada, M. / Unno, H. / Emi, K.I. / Matsumoto, M. / Hemmi, H.
履歴
登録2020年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cis-prenyltransferase MM_0014
B: cis-prenyltransferase MM_0014
C: cis-prenyltransferase MM_0014
D: cis-prenyltransferase MM_0014
E: cis-prenyltransferase MM_0014
F: cis-prenyltransferase MM_0014
G: cis-prenyltransferase MM_0014
H: cis-prenyltransferase MM_0014
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,16936
ポリマ－205,5088
非ポリマー4,66228
水8,737485
1
A: cis-prenyltransferase MM_0014
B: cis-prenyltransferase MM_0014
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5629
ポリマ－51,3772
非ポリマー1,1857
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
2
C: cis-prenyltransferase MM_0014
D: cis-prenyltransferase MM_0014
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4108
ポリマ－51,3772
非ポリマー1,0336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
3
E: cis-prenyltransferase MM_0014
F: cis-prenyltransferase MM_0014
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5629
ポリマ－51,3772
非ポリマー1,1857
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
4
G: cis-prenyltransferase MM_0014
H: cis-prenyltransferase MM_0014
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,63510
ポリマ－51,3772
非ポリマー1,2588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.853, 98.910, 193.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
cis-prenyltransferase MM_0014


分子量: 25688.492 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 6種, 513分子

#2: 化合物
ChemComp-DMA / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / ジメチルアリル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FQ0 / 2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propane-1,3-diol / 2-[[(2E,6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル]オキシ]-1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 296.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The Genebank accession number is 24771896 for the protein.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.075 M succinic acid, pH7.0, 11% PEG 3350, and 25% glycerol, 3 mM farnesyl pyrophosphate (FPP), 0.3 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→48.46 Å / Num. obs: 147512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.3 % / CC1/2: 0.688 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 7217 / CC1/2: 0.688

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CAQ

7caq


解像度: 1.91→47.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 7541 5.114 %
Rwork0.1963 139929 -
all0.197 --
obs-147470 99.814 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.005 Å20 Å20 Å2
2--0.007 Å20 Å2
3----0.012 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13896 0 272 485 14653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01314473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.01713649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.65819570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2631.59531587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38851691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60921.669791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.048152535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.89815104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22809
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2190.212566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.26853
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0620.26111
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0710.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0550.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1250.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1720.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5814.316809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5814.3096808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5596.4488485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5596.4498486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8774.6887664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8444.687605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3176.88111085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.36.86810989
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.19749.77816150
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.18549.67916077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.9590.0925100.06510044X-RAY DIFFRACTION98.0946
1.959-2.0120.14790.07610058X-RAY DIFFRACTION99.8578
2.012-2.070.1395220.1159728X-RAY DIFFRACTION99.8344
2.07-2.1340.1545770.1359370X-RAY DIFFRACTION99.9096
2.134-2.2040.2034620.1659218X-RAY DIFFRACTION99.9174
2.204-2.2810.2314510.1878889X-RAY DIFFRACTION99.9893
2.281-2.3670.2184420.1898639X-RAY DIFFRACTION99.978
2.367-2.4640.2224600.1988225X-RAY DIFFRACTION100
2.464-2.5740.2574370.2167907X-RAY DIFFRACTION100
2.574-2.6990.2354260.2177621X-RAY DIFFRACTION100
2.699-2.8450.2764370.2327193X-RAY DIFFRACTION100
2.845-3.0170.2683530.2296883X-RAY DIFFRACTION100
3.017-3.2260.233580.2296431X-RAY DIFFRACTION100
3.226-3.4840.243260.2256005X-RAY DIFFRACTION100
3.484-3.8160.2433030.2155609X-RAY DIFFRACTION100
3.816-4.2650.2082350.195094X-RAY DIFFRACTION100
4.265-4.9230.1942410.1754488X-RAY DIFFRACTION100
4.923-6.0260.2542350.2043790X-RAY DIFFRACTION100
6.026-8.5060.1911840.2062988X-RAY DIFFRACTION100
8.506-47.920.1761030.1781749X-RAY DIFFRACTION99.0374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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