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- PDB-7cby: Structure of FOXG1 DNA binding domain bound to DBE2 DNA site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cby
タイトルStructure of FOXG1 DNA binding domain bound to DBE2 DNA site
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
  • Forkhead box protein G1
キーワードTRANSCRIPTION / FOXG1 / Forkhead box / transcription factors / FOXG1 syndrome / DBE2
機能・相同性
機能・相同性情報


pyramidal neuron migration to cerebral cortex / : / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / neuron fate determination / dorsal/ventral pattern formation / axon midline choice point recognition / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of neuron differentiation ...pyramidal neuron migration to cerebral cortex / : / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / neuron fate determination / dorsal/ventral pattern formation / axon midline choice point recognition / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell cycle / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of neuron differentiation / brain development / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein G1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.646 Å
データ登録者Dai, S.Y. / Li, J. / Chen, Y.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for DNA Recognition by FOXG1 and the Characterization of Disease-causing FOXG1 Mutations.
著者: Dai, S. / Li, J. / Zhang, H. / Chen, X. / Guo, M. / Chen, Z. / Chen, Y.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
C: Forkhead box protein G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3844
ポリマ－22,2783
非ポリマー1061
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.126, 61.446, 73.594
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 4860.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4932.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Forkhead box protein G1 / Brain factor 1 / BF1 / Brain factor 2 / hBF-2 / Forkhead box protein G1A / Forkhead box protein G1B ...Brain factor 1 / BF1 / Brain factor 2 / hBF-2 / Forkhead box protein G1A / Forkhead box protein G1B / Forkhead box protein G1C / Forkhead-related protein FKHL1 / HFK1 / Forkhead-related protein FKHL2 / HFK2 / Forkhead-related protein FKHL3 / HFK3


分子量: 12485.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: FOXG1, FKH2, FKHL1, FKHL2, FKHL3, FKHL4, FOXG1A, FOXG1B, FOXG1C
発現宿主: Escherichia coli O103:H2 str. 12009 (大腸菌)
参照: UniProt: P55316
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 80 mM NaCl, 40 mM Sodium cacodylate, pH 6.0, 45% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 12 mM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→22.9 Å / Num. obs: 26897 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.7 % / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / Num. unique obs: 2635 / Rpim(I) all: 0.312

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AKO

6ako


解像度: 1.646→22.871 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 2449 4.88 %
Rwork0.1562 47693 -
obs0.1575 25550 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.4 Å2 / Biso mean: 21.948 Å2 / Biso min: 4.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.646→22.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数825 650 7 351 1833
Biso mean--33.98 34.14 -
残基数----132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1172299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7251056
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6462-1.67970.17831370.1676247687
1.6797-1.71630.18441340.1775275496
1.7163-1.75620.18751520.1709281899
1.7562-1.80010.21671580.16942809100
1.8001-1.84870.22361470.16872859100
1.8487-1.90310.20891490.16282870100
1.9031-1.96450.1621210.15442868100
1.9645-2.03470.20061360.16182873100
2.0347-2.11610.19041600.16172820100
2.1161-2.21230.22591210.15772880100
2.2123-2.32880.19911370.15712870100
2.3288-2.47460.1931480.1622855100
2.4746-2.66540.20051340.15932902100
2.6654-2.93310.20281750.17132809100
2.9331-3.35640.1681360.1445284299
3.3564-4.22430.14411540.12892840100
4.2243-100.16391500.1563254890
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0533-0.6975-0.28150.6484-0.48644.2081-0.17390.05020.16990.05930.02420.174-0.49360.15090.07920.18070.0185-0.03280.11070.01830.0487-9.971-0.54884.4643
20.13170.0865-0.47641.72680.35192.53510.16970.4434-1.2569-0.08430.1003-0.5425-0.06620.8005-0.02520.0840.07670.0330.242-0.00830.20824.5188-9.276810.8523
32.7292-0.7153-0.10355.2221-1.93136.8120.0215-0.29690.14780.6023-0.1048-0.111-0.68840.89480.05050.0792-0.004-0.02110.22220.0650.17919.0377-5.62728.1154
43.0253-2.4305-2.32314.77813.06463.9199-0.0696-0.1286-0.62750.2853-0.04590.70060.27530.01940.01090.25170.0224-0.05490.23690.08890.23311.1759-15.922335.8311
53.01741.22450.790.83511.00142.40080.01230.5792-1.54760.12710.49320.0762-0.00591.4551-0.17080.10.1154-0.05260.35520.0170.283313.086-13.352427.9498
61.9349-0.42870.73280.86331.11764.17530.09780.05620.1366-0.0545-0.144-0.0864-0.4070.42970.0290.08770.00560.00810.13310.05960.13483.1559-2.902918.3381
75.77660.95712.46042.65140.65132.6648-0.03930.4582-0.4709-0.28770.0909-0.19790.03310.5115-0.04830.16880.0210.02380.19580.01380.0828-5.596-5.10670.1936
81.7046-0.836-0.6742.91840.02290.9086-0.0432-0.22870.320.76680.0029-0.6973-0.3520.342-0.03140.2224-0.0323-0.01850.0901-0.00730.1616-4.46574.580831.2394
93.98930.5540.93661.99520.81052.4189-0.077-0.2813-0.18840.0509-0.06750.1670.2047-0.1905-0.04440.0706-0.00670.02720.07150.02210.0833-12.2663-8.445225.52
102.31680.0031-0.32212.57280.58863.55080.06760.10440.0454-0.0441-0.25850.4675-0.071-0.6695-0.03490.05550.01420.01550.136-0.010.1016-17.8153-4.084520.4665
112.5444-1.28350.82743.6118-0.33123.30320.17350.85780.66860.0871-0.4995-0.156-0.85751.1468-0.04670.1370.05480.0603-0.2172-0.04550.1321-8.39015.932425.0969
123.58650.2170.10412.29490.92763.09780.17960.104-0.2586-0.0708-0.1824-0.22250.0914-0.04060.02930.06420.0297-0.00330.05180.02910.0415-6.9716-7.080416.4004
138.0342-1.07722.36452.25780.31583.7150.18850.8185-0.1489-0.818-0.20811.41320.1805-1.0672-0.00480.30410.0072-0.13930.6518-0.05540.4092-23.3044-11.48227.1907
141.9359-0.61722.15240.6746-1.32596.30070.48030.29-1.1204-0.0966-0.16570.84620.9885-0.3586-0.12180.1972-0.08510.07930.02340.08740.2333-13.4335-17.020623.6241
154.47860.3733-0.30863.3056-3.51714.7498-0.1911-0.5613-0.46780.9952-0.1441-0.23960.08840.4049-0.03240.28950.05020.06570.1580.10250.1838-5.3118-14.2433.6932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )A1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 10 )A6 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 11 through 15 )A11 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 16 through 16 )A16
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 5 )B1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 10 )B6 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 11 through 16 )B11 - 16
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 177 through 185 )C177 - 185
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 186 through 196 )C186 - 196
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 197 through 214 )C197 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 215 through 221 )C215 - 221
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 222 through 242 )C222 - 242
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 243 through 253 )C243 - 253
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 254 through 266 )C254 - 266
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 267 through 276 )C267 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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