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- PDB-7c88: Complex structure of JS003 and PD-L1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c88
タイトルComplex structure of JS003 and PD-L1
要素
  • JS003 Heavy chain
  • JS003 Light chain
  • Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-L1 / antibody / pH
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Bi, X. / Shi, R. / Chai, Y. / Qi, J. / Yan, J. / Tan, S.
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2020
タイトル: Identification of a hotspot on PD-L1 for pH-dependent binding by monoclonal antibodies for tumor therapy.
著者: Liu, H. / Bi, X. / Zhou, Y. / Shi, R. / Yao, S. / Qi, J. / Feng, H. / Feng, M. / Yan, J. / Tan, S.
履歴
登録2020年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: JS003 Heavy chain
L: JS003 Light chain
M: Programmed cell death 1 ligand 1
A: JS003 Heavy chain
B: JS003 Light chain
C: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3496
ポリマ－127,3496
非ポリマー00
水11,854658
1
H: JS003 Heavy chain
L: JS003 Light chain
M: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6753
ポリマ－63,6753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
2
A: JS003 Heavy chain
B: JS003 Light chain
C: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6753
ポリマ－63,6753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.984, 65.639, 107.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 JS003 Heavy chain


分子量: 24418.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 JS003 Light chain


分子量: 23431.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 15824.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Na HEPES 7.0, 15% w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→50 Å / Num. obs: 86422 / % possible obs: 92.61 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 1.74
反射 シェル解像度: 2→4.31 Å / Num. unique obs: 93009 / CC1/2: 0.872

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GRJ

5grj


解像度: 1.997→50 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 4235 4.9 %
Rwork0.2223 --
obs0.224 86422 92.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8334 0 0 658 8992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93911588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6953092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.997-2.01920.3321860.28151785X-RAY DIFFRACTION62
2.0192-2.0430.3096910.30412131X-RAY DIFFRACTION71
2.043-2.06790.63741080.50091925X-RAY DIFFRACTION66
2.0679-2.09410.50671060.48331578X-RAY DIFFRACTION55
2.0941-2.12160.29841420.2672435X-RAY DIFFRACTION82
2.1216-2.15070.28121390.26942494X-RAY DIFFRACTION86
2.1507-2.18140.29091520.26692660X-RAY DIFFRACTION91
2.1814-2.2140.32121510.26672785X-RAY DIFFRACTION95
2.214-2.24860.42161200.37732701X-RAY DIFFRACTION91
2.2486-2.28540.3981480.37782433X-RAY DIFFRACTION84
2.2854-2.32480.28941550.26362874X-RAY DIFFRACTION99
2.3248-2.36710.28671420.24922920X-RAY DIFFRACTION99
2.3671-2.41260.28071360.2492952X-RAY DIFFRACTION100
2.4126-2.46190.27621450.25652968X-RAY DIFFRACTION100
2.4619-2.51540.31821580.25382951X-RAY DIFFRACTION100
2.5154-2.57390.29371450.26342967X-RAY DIFFRACTION100
2.5739-2.63820.29871610.25492934X-RAY DIFFRACTION100
2.6382-2.70960.36981460.28542917X-RAY DIFFRACTION99
2.7096-2.78930.27131510.23522969X-RAY DIFFRACTION100
2.7893-2.87930.2481710.23362945X-RAY DIFFRACTION100
2.8793-2.98220.28951400.22582973X-RAY DIFFRACTION100
2.9822-3.10150.25261230.21652959X-RAY DIFFRACTION100
3.1015-3.24260.25891520.2172990X-RAY DIFFRACTION100
3.2426-3.41350.21911690.21672937X-RAY DIFFRACTION100
3.4135-3.62730.25441480.21382969X-RAY DIFFRACTION100
3.6273-3.90710.2221660.20772935X-RAY DIFFRACTION100
3.9071-4.30.23841460.17242997X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.92130.18931580.15472983X-RAY DIFFRACTION100
4.9213-6.19710.18311330.17173017X-RAY DIFFRACTION100
6.1971-41.5820.21711470.19413103X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.0263 Å / Origin y: -0.8502 Å / Origin z: 122.2695 Å
111213212223313233
T0.1975 Å20.0111 Å2-0.0117 Å2-0.1572 Å20.0068 Å2--0.1817 Å2
L0.3013 °2-0.0234 °2-0.0647 °2-0.0583 °20.0331 °2--0.0704 °2
S0.0007 Å °0.0013 Å °-0.008 Å °-0.0277 Å °-0.0108 Å °0.0209 Å °-0.0081 Å °0.0075 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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