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万見
- PDB-7c83: Crystal structure of an integral membrane steroid 5-alpha-reducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c83
タイトルCrystal structure of an integral membrane steroid 5-alpha-reductase PbSRD5A
要素3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / steroid reductase / NADPH / steroid 3-oxo-delta(4) reduction
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase activity / brassinosteroid biosynthetic process / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase, C-terminal / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase/very-long-chain enoyl-CoA reductase / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase / Steroid 5-alpha reductase C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Proteobacteria bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ren, R.B. / Han, Y.F. / Xiao, Q.J. / Deng, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971218 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of steroid reductase SRD5A reveals conserved steroid reduction mechanism.
著者: Han, Y. / Zhuang, Q. / Sun, B. / Lv, W. / Wang, S. / Xiao, Q. / Pang, B. / Zhou, Y. / Wang, F. / Chi, P. / Wang, Q. / Li, Z. / Zhu, L. / Li, F. / Deng, D. / Chiang, Y.C. / Li, Z. / Ren, R.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,65710
ポリマ－29,0591
非ポリマー3,5989
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.192, 104.266, 123.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

21A-488-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase


分子量: 29058.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Proteobacteria bacterium (バクテリア)
遺伝子: DCC71_03205
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A3A0FWV3
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 40% PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, 100 mM potassium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.365 Å / Num. obs: 22993 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Num. unique obs: 1628 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PREDICTED MODEL

解像度: 2→19.36 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 2000 8.71 %
Rwork0.193 20971 -
obs0.197 22971 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.92 Å2 / Biso mean: 35.99 Å2 / Biso min: 11.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2008 0 200 90 2298
Biso mean--49.18 41.12 -
残基数----251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0001-2.050.32491380.2877145099
2.05-2.10540.28391380.2393145199
2.1054-2.16730.25181440.2167150399
2.1673-2.23710.26591420.19941483100
2.2371-2.3170.23541390.18681463100
2.317-2.40960.22191410.1926147799
2.4096-2.5190.23321420.1811487100
2.519-2.65150.23111420.17791499100
2.6515-2.81720.21391420.17191484100
2.8172-3.03390.1931440.16431508100
3.0339-3.33790.18721430.17911511100
3.3379-3.81760.20611450.16961515100
3.8176-4.79770.24951470.20021543100
4.7977-19.360.26331530.2189159799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0514-3.0276-0.11692.050.8020.78070.1416-0.15720.52590.6611-0.1118-0.4197-0.99250.1205-0.11770.79140.07160.05720.2911-0.01360.267-0.1579-23.353925.1998
22.05870.22260.90263.10010.64421.6935-0.1232-0.6057-0.53640.41570.1982-0.11490.49170.0656-0.02970.23490.05220.01110.27810.03920.2-3.7815-44.877624.0034
31.0190.0575-0.4181.1728-1.87513.2047-0.02770.25560.2209-0.12520.75510.89260.084-0.8294-0.60340.16620.0490.00770.38260.13530.3286-10.4772-28.05098.1435
41.13750.9102-0.91772.9468-2.59153.08450.03270.0560.1650.1090.21340.2278-0.099-0.2869-0.22720.18610.07110.05230.22260.02430.184-2.3446-25.80828.7359
50.6592-1.30390.33722.6622-0.11693.758-0.06590.2071-0.2482-1.1399-0.1965-0.39071.2302-0.0280.26810.6790.02590.12380.22220.03480.32632.0807-49.93486.3434
62.0092-1.1923-0.61915.8591-2.54973.3476-0.0499-0.1458-0.08720.215-0.2192-0.4841-0.00660.35250.26360.10660.016-0.00780.22450.03510.164.7849-33.372714.1868
71.8854-0.5596-0.33670.6865-0.90131.9689-0.75180.18340.5013-0.2275-0.5015-0.73570.80690.83440.47830.4450.18870.64370.48490.37630.472413.4322-46.9310.7372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 26 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 42 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 43 THROUGH 103 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 104 THROUGH 169 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 170 THROUGH 190 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 237 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 238 THROUGH 253 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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