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- PDB-7c7j: Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7j
タイトルCrystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E)
要素
  • Ras-related protein Rap-1b
  • SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / SHANK3 / Rap1b / SPN / Ras
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / Rap protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / modification of postsynaptic structure / negative regulation of actin filament bundle assembly / regulation of cell junction assembly ...guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / Rap protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / modification of postsynaptic structure / negative regulation of actin filament bundle assembly / regulation of cell junction assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of cell volume / positive regulation of integrin activation / NMDA glutamate receptor clustering / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vocalization behavior / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / neuron spine / regulation of dendritic spine morphogenesis / AMPA glutamate receptor clustering / dendritic spine morphogenesis / Rap1 signalling / brain morphogenesis / establishment of endothelial barrier / Neurexins and neuroligins / regulation of long-term synaptic potentiation / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of establishment of cell polarity / ciliary membrane / azurophil granule membrane / regulation of long-term synaptic depression / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of dendritic spine development / adult behavior / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / social behavior / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / RET signaling / cellular response to cAMP / ionotropic glutamate receptor binding / synapse assembly / Integrin signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / lipid droplet / small monomeric GTPase / learning / positive regulation of long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / G protein activity / memory / SH3 domain binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / cell-cell junction / actin binding / scaffold protein binding / cell population proliferation / dendritic spine / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / neuron projection / GTPase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / extracellular exosome / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rap1 / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. ...Ras-related protein Rap1 / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rap-1b / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Xiao, L.X. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
引用
ジャーナル: Chin.J.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mechanistic Insights into the Interactions of Ras Subfamily GTPases with the SPN Domain of Autism-associated SHANK3.
著者: Xu, X.L. / Liu, J.P. / Wang, Y.L. / Wang, Y. / Gong, X. / Pan, L.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, ...著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rap-1b
B: Ras-related protein Rap-1b
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6509
ポリマ－60,5154
非ポリマー1,1355
水1,63991
1
A: Ras-related protein Rap-1b
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8455
ポリマ－30,2572
非ポリマー5883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rap-1b
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8054
ポリマ－30,2572
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.215, 191.926, 48.876
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19063.572 Da / 分子数: 2 / 変異: G12V,Q63E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61224
#2: タンパク質 SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3 / Shank3 / Proline-rich synapse-associated protein 2 / ProSAP2


分子量: 11193.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHANK3, KIAA1650, PROSAP2, PSAP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYB0

-
非ポリマー , 4種, 96分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→191.93 Å / Num. obs: 20943 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 37.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.264 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.39→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.346 / Num. unique obs: 1118

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G4X, 4DXA

5g4x

4dxa


解像度: 2.39→47.98 Å / SU ML: 0.3642 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7631
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 1048 5.03 %
Rwork0.1854 19797 -
obs0.1889 20845 92.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→47.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4077 0 67 91 4235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00964213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13345715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.06212571
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.510.30581400.25093015X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.670.34011280.24592173X-RAY DIFFRACTION98.63
2.67-2.880.33791080.23622229X-RAY DIFFRACTION99.91
2.88-3.170.32561710.22523005X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.620.28011570.19323061X-RAY DIFFRACTION99.75
3.62-4.570.20721620.15093083X-RAY DIFFRACTION99.82
4.57-47.980.2141820.15863231X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.033757722020.387760321332-0.3224635083912.777901439110.140342997964.13130176265-0.1044799794080.218226637338-0.161441521522-0.07718181646340.0234421836617-0.0717338703828-0.0543013873890.0640629637760.0526717987110.2424002826990.0379524562374-0.02245185520980.2670538478650.03123704961320.265638571489-9.06406110254-23.77443531980.61649921517
25.52008102468-0.2419460027520.5152437864462.170441625310.4793255287866.007944058670.1569249094480.518548644907-0.1150846457090.123026883325-0.06035441199430.2956975390580.000671493372733-0.502567107869-0.1361624637920.29273092478-0.0127605276741-0.002103237616730.272427068549-0.05858993888940.355711207569-17.0964482144-26.43314464962.87869980517
34.672362988482.05982163552-0.6039080679674.7740586467-1.680949272622.129080165250.2245833007230.5956794380710.5919932702820.07913080719180.1296130348580.827880372318-0.480664652829-0.59318601363-0.3771324314860.3551761391480.156318335871-0.02337635968150.458967850427-0.0008255434841290.304847531034-19.9146684132-12.53033749930.429232744827
43.3895283051-2.23945372351-3.37110867655.346851651541.719751482256.102322418030.787627158349-0.2692545059280.998064807603-0.33844457261-0.314967341122-0.302376793938-1.187774563730.247646383681-0.5230342923610.5191843719740.04238431052980.09010032968660.340865332750.03895769413750.446499105166-8.03550528022-3.517186133150.828814344138
55.60562457646-5.03316271376-2.100352530196.219208327251.633343716983.004740120150.595592489738-0.6443638498040.6805671864270.299848191766-0.10927843425-0.42253113121-0.4515737270040.0339898594456-0.4177761353690.3315939192410.03902590357150.006795823132640.2644473833210.005246646831650.231983919879-9.33073830693-10.98074273146.45891521738
66.376743435844.644190998821.225762784586.42595924717-3.349007869156.643905857480.280497755618-0.354504208-0.04472960183260.272877722064-0.1007720384380.244023864473-0.129674248082-0.263025128999-0.1727465965080.2276212639430.07074472682120.01194206901410.275214586709-0.08156929629420.221425921337-14.158452985-18.574633397513.6246904786
73.89928151637-0.4548657567830.9131376180012.15624375060.1115525863992.715049845130.0306406721064-0.201023133947-0.2244988777140.1835195188370.0334047442524-0.2146001409720.2057239634190.00749984732142-0.03786902031870.3621120188550.0691814681894-0.03158691520170.228965360643-0.02287409775730.2181863355655.84168888314-21.620813520924.3917229678
84.87286772071.17812922964-1.003050611825.97606889442-0.5130714946973.04023475250.202643248831-0.4319238709130.4455067882020.305950034032-0.0695690537974-0.249551577163-0.1062116265440.545509234667-0.1310310868790.3370268469590.0647610938203-0.05314129656060.460737970886-0.06846845294690.37673938364614.4471673954-21.890737711222.146270649
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 116 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 117 through 137 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 153 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 154 through 167 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 36 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 37 through 74 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 75 through 116 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 117 through 167 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 6 through 26 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 27 through 49 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 50 through 56 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 57 through 66 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 67 through 76 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 77 through 94 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 7 through 43 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 44 through 49 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 50 through 71 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 72 through 94 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る