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- PDB-7c7e: Crystal structure of C terminal domain of Escherichia coli DgoR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7e
タイトルCrystal structure of C terminal domain of Escherichia coli DgoR
要素Putative DNA-binding transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / D-galactonate / GntR superfamily / transcription repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Putative DNA-binding transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O7:K1
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Lin, W.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Analyses of the Transcription Repressor DgoR From Escherichia coli Reveal a Divalent Metal-Containing D-Galactonate Binding Pocket.
著者: Lin, Z. / Sun, Y. / Liu, Y. / Tong, S. / Shang, Z. / Cai, Y. / Lin, W.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7974
ポリマ－26,4861
非ポリマー3123
水57632
1
A: Putative DNA-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Putative DNA-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5958
ポリマ－52,9722
非ポリマー6236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
Buried area3060 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.037, 85.037, 111.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA-binding transcriptional regulator


分子量: 26485.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O7:K1 (strain IAI39 / ExPEC) (大腸菌)
遺伝子: dgoR, ECIAI39_4297
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3MRW3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5% PEG 400, 100mM Sodium acetate pH 5.5, 2M Lithium sulfate, 100mM Magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→73.65 Å / Num. obs: 15623 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.118.41.2432087311320.7830.2951.2782.4100
9.17-73.6523.70.047558823610.0090.04877.799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.047→28.01 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 791 5.15 %
Rwork0.2259 25887 -
obs0.227 15020 95.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.31 Å2 / Biso mean: 54.1432 Å2 / Biso min: 25.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.047→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1109 0 16 32 1157
Biso mean--56.15 55.22 -
残基数----142
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.047-2.11960.33511180.2969184568
2.1196-2.20450.30811280.25992721100
2.2045-2.30480.31371470.2601243690
2.3048-2.42620.29621110.24732726100
2.4262-2.57810.29941560.24182695100
2.5781-2.7770.27451590.23562687100
2.777-3.05620.27171380.252716100
3.0562-3.49770.22951410.23542700100
3.4977-4.40390.21791490.19512708100
4.4039-28.010.21541590.2153265398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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