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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c5c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SeFRS | ||||||
要素 | Tyrosine--tRNA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, J.P. / Wang, J.Y. / Zhu, Z.L. / He, Q.T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF SeFRS 著者: Sun, J.P. / Wang, J.Y. / Zhu, Z.L. / He, Q.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c5c.cif.gz | 170.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c5c.ent.gz | 112.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c5c_validation.pdf.gz | 431.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c5c_full_validation.pdf.gz | 432.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c5c_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c5c_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c5c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4hjrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36022.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% Polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Bis-Tris(pH5.5), 200mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→44.73 Å / Num. obs: 35051 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 31.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1201 / CC1/2: 0.926 / Rrim(I) all: 0.387 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4HJR 解像度: 1.72→44.73 Å / SU ML: 0.1883 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9605 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→44.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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