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- PDB-7c4r: Crystal structure of hydrogen peroxide treated zebrafish TRF2 com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4r
タイトルCrystal structure of hydrogen peroxide treated zebrafish TRF2 complexed with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*D*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*AP*DP*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*G)-3')
  • Terfa protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / zebrafish TRF2 / Telomere DNA / complex / hydrogen peroxide treatment.
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomere maintenance via recombination / telomeric loop formation / cell cycle / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / protection from non-homologous end joining at telomere / RNA-templated DNA biosynthetic process / telomeric D-loop disassembly / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / double-stranded telomeric DNA binding ...negative regulation of telomere maintenance via recombination / telomeric loop formation / cell cycle / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / protection from non-homologous end joining at telomere / RNA-templated DNA biosynthetic process / telomeric D-loop disassembly / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / double-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / protein localization to chromosome, telomeric region / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Telomeric repeat-binding factor 2 / Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain superfamily / Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain / Telomere repeat binding factor (TRF) / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Terfa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Jin, Z. / Park, J.H. / Yun, J.H. / Park, S.Y. / Lee, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hydrogen peroxide treated zebrafish TRF2 myb-domain complexed with DNA
著者: Jin, Z. / Park, J.H. / Yun, J.H. / Park, S.Y. / Lee, W.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terfa protein
C: DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*D*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*AP*DP*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*A)-3')
B: Terfa protein
E: DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*D*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*AP*DP*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0356
ポリマ－27,0356
非ポリマー00
水1086
1
A: Terfa protein
C: DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*D*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*AP*DP*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8463
ポリマ－13,8463
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6710 Å2
手法PISA
2
B: Terfa protein
E: DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*D*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*AP*DP*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1883
ポリマ－13,1883
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.901, 63.901, 140.234
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Terfa protein / Zebrafish TELOMERIC REPEAT BINDING FACTOR 2


分子量: 6521.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: terfa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QRH9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*G)-3')


分子量: 3773.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*D*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*AP*DP*CP*DP*CP*DP*CP*DP*TP*DP*AP*DP*A)-3')


分子量: 3551.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*D*TP*DP*TP*DP*AP*DP*GP*DP*GP*DP*GP*DP*TP*DP*TP*DP*AP*DP*G)-3')


分子量: 3115.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20-25% (w/v) polyethylene glycol 3000, 100 mM Sodium acetate/acetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→46.753 Å / Num. obs: 12129 / % possible obs: 93.88 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 55.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.65
反射 シェル解像度: 2.44→2.537 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 1167 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W0U

1w0u


解像度: 2.44→46.745 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 30.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 1205 9.93 %
Rwork0.2272 --
obs0.2302 12129 93.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.13 Å2 / Biso mean: 55.0391 Å2 / Biso min: 32.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→46.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数916 931 0 6 1853
Biso mean---50.29 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4892858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.025997
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.44-2.53770.4121150.3474105283
2.5377-2.65320.31841270.3208114590
2.6532-2.7930.32311320.3134115191
2.793-2.9680.34151370.3046118494
2.968-3.19710.35031320.2773122796
3.1971-3.51870.2671360.2267123797
3.5187-4.02770.28391370.2214126497
4.0277-5.07340.20831380.1951128598
5.0734-46.7450.19351510.1856137998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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