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- PDB-7c4o: Solution structure of the Orange domain from human protein HES1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4o
タイトルSolution structure of the Orange domain from human protein HES1
要素Transcription factor HES-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / dimer / solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


trochlear nerve development / stomach neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of stomach neuroendocrine cell differentiation / N-box binding / comma-shaped body morphogenesis / S-shaped body morphogenesis / renal interstitial fibroblast development / negative regulation of cell fate determination / negative regulation of pancreatic A cell differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle, embryonic ...trochlear nerve development / stomach neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of stomach neuroendocrine cell differentiation / N-box binding / comma-shaped body morphogenesis / S-shaped body morphogenesis / renal interstitial fibroblast development / negative regulation of cell fate determination / negative regulation of pancreatic A cell differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle, embryonic / regulation of timing of neuron differentiation / midbrain-hindbrain boundary morphogenesis / common bile duct development / negative regulation of amacrine cell differentiation / ureteric bud morphogenesis / pancreatic A cell differentiation / hindbrain morphogenesis / lateral inhibition / ascending aorta morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / amacrine cell differentiation / glomerulus vasculature development / oculomotor nerve development / metanephric nephron tubule morphogenesis / negative regulation of calcium ion import / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / vascular associated smooth muscle cell development / adenohypophysis development / Cajal-Retzius cell differentiation / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / pharyngeal arch artery morphogenesis / inner ear receptor cell stereocilium organization / establishment of epithelial cell polarity / HLH domain binding / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / response to thyroid hormone / inner ear auditory receptor cell differentiation / telencephalon development / neuronal stem cell population maintenance / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / forebrain radial glial cell differentiation / cell fate determination / response to alkaloid / JUN kinase binding / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to fatty acid / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / regulation of fat cell differentiation / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / artery morphogenesis / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / labyrinthine layer blood vessel development / positive regulation of DNA binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / ventricular septum development / negative regulation of glial cell proliferation / smoothened signaling pathway / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of Notch signaling pathway / midbrain development / E-box binding / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / outflow tract morphogenesis / cochlea development / somatic stem cell population maintenance / cellular response to interleukin-1 / regulation of neurogenesis / BMP signaling pathway / regulation of protein-containing complex assembly / T cell proliferation / cell maturation / Notch signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / lung development / thymus development / transcription corepressor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of forebrain neuron differentiation / liver development / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / nuclear matrix / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / cell migration / nervous system development
類似検索 - 分子機能
Orange domain / : / Hairy Orange / Orange domain profile. / Orange domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor HES-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Fan, J.S. / Nayak, A. / Swaminathan, K.
引用ジャーナル: Am J Pathol / : 2022
タイトル: Induction of Transcriptional Inhibitor Hairy and Enhancer of Split Homolog-1 and the Related Repression of Tumor-Suppressor Thioredoxin-Interacting Protein Are Important Components of ...タイトル: Induction of Transcriptional Inhibitor Hairy and Enhancer of Split Homolog-1 and the Related Repression of Tumor-Suppressor Thioredoxin-Interacting Protein Are Important Components of Cell-Transformation Program Imposed by Oncogenic Kinase Nucleophosmin-Anaplastic Lymphoma Kinase.
著者: Zhang, Q. / Wang, H.Y. / Nayak, A. / Nunez-Cruz, S. / Slupianek, A. / Liu, X. / Basappa, J. / Fan, J.S. / Chekol, S. / Nejati, R. / Bogusz, A.M. / Turner, S.D. / Swaminathan, K. / Wasik, M.A.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor HES-1
B: Transcription factor HES-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7102
ポリマ-10,7102
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area1960 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area6150 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Transcription factor HES-1 / Class B basic helix-loop-helix protein 39 / bHLHb39 / Hairy and enhancer of split 1 / Hairy homolog ...Class B basic helix-loop-helix protein 39 / bHLHb39 / Hairy and enhancer of split 1 / Hairy homolog / Hairy-like protein / hHL


分子量: 5355.138 Da / 分子数: 2 / 断片: orange domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HES1, BHLHB39, HL, HRY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14469

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] orange domain, 90% H2O/10% D2O
Label: CN-sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.5 mM / 構成要素: orange domain / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: con_1 / pH: 6 / PH err: 0.1 / : 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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