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- PDB-7byx: Crystal structure of exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7byx
タイトルCrystal structure of exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete chrysosporium Pc1,3Gal43A E208A with beta-1,3-galactotriose
要素Galactan 1,3-beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 43 / exo-beta-1 / 3-galactanase / arabinogalactan degrade / complex with beta-1 / 3-galactotriose / carbohydrate binding module family 35
機能・相同性
機能・相同性情報


galactan 1,3-beta-galactosidase / galactan 1,3-beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Galactan 1,3-beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Matsuyama, K. / Ishida, T. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Igarashi, K. / Kaneko, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05494 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Unique active-site and subsite features in the arabinogalactan-degrading GH43 exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete chrysosporium .
著者: Matsuyama, K. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Sunagawa, N. / Kotake, T. / Tsumuraya, Y. / Samejima, M. / Igarashi, K. / Kaneko, S.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactan 1,3-beta-galactosidase
B: Galactan 1,3-beta-galactosidase
C: Galactan 1,3-beta-galactosidase
D: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,23252
ポリマ－181,9104
非ポリマー10,32248
水18,1231006
1
A: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,72917
ポリマ－45,4781
非ポリマー3,25116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,76010
ポリマ－45,4781
非ポリマー2,2829
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,94412
ポリマ－45,4781
非ポリマー2,46611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,80013
ポリマ－45,4781
非ポリマー2,32212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.737, 156.737, 147.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
D: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-940-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Galactan 1,3-beta-galactosidase / exo-beta-1 / 3-galactanase


分子量: 45477.613 Da / 分子数: 4 / 変異: E208A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: Pc1,3Gal43A / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q50KB2, galactan 1,3-beta-galactosidase

-
糖 , 6種, 16分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2112h-1b_1-5]/1-1-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1038分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 % / 解説: bipyramidial
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M potassium nitrate, 15 % (w/v) polyethylene glycol 6000, 20 mM sodium citrate, 5 % glycerol, 10 mM beta-1,3-galactotriose

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 92497 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rsym value: 0.167 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 8510 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3546精密化
REFMAC5.8.0158精密化
Cootモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BYS

7bys


解像度: 2.3→31.14 Å / SU ML: 0.2633 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.7436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2143 4569 4.97 %Random selection
Rwork0.161 87425 --
obs0.1637 91994 98.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12856 0 678 1006 14540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007613873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.951518897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06322116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00532416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.37619641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.31361330.23332531X-RAY DIFFRACTION87
2.33-2.350.28061720.2222664X-RAY DIFFRACTION91.99
2.35-2.380.25691360.2182871X-RAY DIFFRACTION97.47
2.38-2.410.27051620.21332871X-RAY DIFFRACTION99.09
2.41-2.440.32821650.2112909X-RAY DIFFRACTION99.19
2.44-2.480.26741540.20792904X-RAY DIFFRACTION99.41
2.48-2.510.28961560.19962895X-RAY DIFFRACTION99.16
2.51-2.550.27891410.20082892X-RAY DIFFRACTION99.21
2.55-2.590.30261360.19992911X-RAY DIFFRACTION99.19
2.59-2.630.23811690.18742874X-RAY DIFFRACTION99.19
2.63-2.680.26321600.18312917X-RAY DIFFRACTION99.64
2.68-2.730.24881540.18512913X-RAY DIFFRACTION99.22
2.73-2.780.26591370.18872902X-RAY DIFFRACTION99.31
2.78-2.840.2441120.18392990X-RAY DIFFRACTION99.52
2.84-2.90.2261520.18172896X-RAY DIFFRACTION99.25
2.9-2.960.25051560.16882881X-RAY DIFFRACTION99.15
2.96-3.040.22691390.17152969X-RAY DIFFRACTION99.65
3.04-3.120.22231830.16052923X-RAY DIFFRACTION99.74
3.12-3.210.19491450.15462925X-RAY DIFFRACTION99.55
3.21-3.320.21571750.15812911X-RAY DIFFRACTION99.87
3.32-3.430.23571300.15492978X-RAY DIFFRACTION99.94
3.43-3.570.1981450.14292944X-RAY DIFFRACTION99.9
3.57-3.730.17971790.13842921X-RAY DIFFRACTION99.97
3.73-3.930.18751370.1392981X-RAY DIFFRACTION99.97
3.93-4.180.19911610.1362967X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.50.15151290.12322991X-RAY DIFFRACTION99.94
4.5-4.950.1461840.11492949X-RAY DIFFRACTION99.9
4.95-5.660.18111500.13483003X-RAY DIFFRACTION99.9
5.66-7.120.21440.1613038X-RAY DIFFRACTION100
7.12-31.140.20471730.18523104X-RAY DIFFRACTION99.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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