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- PDB-7bys: Crystal structure of exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bys
タイトルCrystal structure of exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete chrysosporium Pc1,3Gal43A apo form
要素Galactan 1,3-beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 43 / exo-beta-1 / 3-galactanase / arabinogalactan degrade / apo form / carbohydrate binding module family 35
機能・相同性
機能・相同性情報


galactan 1,3-beta-galactosidase / galactan 1,3-beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Galactan 1,3-beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Matsuyama, K. / Ishida, T. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Igarashi, K. / Kaneko, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05494 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Unique active-site and subsite features in the arabinogalactan-degrading GH43 exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete chrysosporium .
著者: Matsuyama, K. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Sunagawa, N. / Kotake, T. / Tsumuraya, Y. / Samejima, M. / Igarashi, K. / Kaneko, S.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactan 1,3-beta-galactosidase
B: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,78610
ポリマ－91,0712
非ポリマー1,7158
水22,3751242
1
A: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2105
ポリマ－45,5361
非ポリマー6754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area16000 Å2
手法PISA
2
B: Galactan 1,3-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5765
ポリマ－45,5361
非ポリマー1,0404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.470, 66.262, 74.021
Angle α, β, γ (deg.)72.030, 84.680, 82.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Galactan 1,3-beta-galactosidase / exo-beta-1 / 3-galactanase


分子量: 45535.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / プラスミド: pPICZaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q50KB2, galactan 1,3-beta-galactosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 1246分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.0540.03
22.4750.1plate
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.52.1 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate buffer pH 5.5.
2932蒸気拡散法5.516% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 10000 95 mM ammonium sulfate 95 mM bis-tris 4.8% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
1951N
2952N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A10.90646
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A20.97882,0.97950,0.98300,0.96400
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年2月11日
ADSC QUANTUM 4r2CCD2008年11月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.906461
20.978821
30.97951
40.9831
50.9641
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 136692 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 12747 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_356精密化
REFMAC5.8.0238精密化
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1856 6862 -Random selection
Rwork0.1547 ---
obs0.1562 136655 95.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.21 Å2 / Biso mean: 17.1719 Å2 / Biso min: 5.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6436 0 109 1242 7787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.410.27831830.23213641X-RAY DIFFRACTION81.59
1.41-1.430.27162230.22594031X-RAY DIFFRACTION89.33
1.43-1.450.24262240.21854195X-RAY DIFFRACTION92.43
1.45-1.470.23751820.2134196X-RAY DIFFRACTION93.85
1.47-1.490.2342160.20864229X-RAY DIFFRACTION94.65
1.49-1.510.24532210.1974309X-RAY DIFFRACTION95.23
1.51-1.530.23162340.19594263X-RAY DIFFRACTION95.5
1.53-1.550.21982330.18794387X-RAY DIFFRACTION95.71
1.55-1.570.21362200.1894283X-RAY DIFFRACTION95.61
1.57-1.60.21942260.18144297X-RAY DIFFRACTION95.93
1.6-1.630.22212420.18074374X-RAY DIFFRACTION96.01
1.63-1.660.22752210.17344329X-RAY DIFFRACTION96.17
1.66-1.690.19982500.1754385X-RAY DIFFRACTION96.28
1.69-1.720.23442470.17354274X-RAY DIFFRACTION96.29
1.72-1.760.18852090.1694413X-RAY DIFFRACTION96.8
1.76-1.80.18772300.17114312X-RAY DIFFRACTION96.64
1.8-1.840.19792500.17054386X-RAY DIFFRACTION96.91
1.84-1.890.18672340.17384338X-RAY DIFFRACTION96.86
1.89-1.950.18882180.16334413X-RAY DIFFRACTION97.15
1.95-2.010.19191900.15874398X-RAY DIFFRACTION97.39
2.01-2.080.16522310.1514406X-RAY DIFFRACTION97.52
2.08-2.160.17942200.15114414X-RAY DIFFRACTION97.76
2.16-2.260.19612240.15174452X-RAY DIFFRACTION97.93
2.26-2.370.18162650.15554409X-RAY DIFFRACTION98.03
2.37-2.520.1862440.15644398X-RAY DIFFRACTION98.14
2.52-2.710.18032470.15494430X-RAY DIFFRACTION98.5
2.71-2.960.21582610.15314397X-RAY DIFFRACTION98.75
2.96-3.370.17452400.13524494X-RAY DIFFRACTION98.91
3.37-4.140.13682530.11814419X-RAY DIFFRACTION98.98
4.14-80.14682240.12074444X-RAY DIFFRACTION98.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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