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- PDB-3k32: The crystal structure of predicted subunit of tRNA methyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k32
タイトルThe crystal structure of predicted subunit of tRNA methyltransferase from Methanocaldococcus jannaschii DSM
要素Uncharacterized protein MJ0690
キーワードTRANSFERASE / Predicted subunit of tRNA methyltransferase / Methanocaldococcus jannaschii DSM / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
機能・相同性: / Family of unknown function (DUF7411) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein MJ0690
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, R. / Zhang, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of predicted subunit of tRNA methyltransferase from Methanocaldococcus jannaschii DSM
著者: Wu, R. / Zhang, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ0690
B: Uncharacterized protein MJ0690
C: Uncharacterized protein MJ0690
D: Uncharacterized protein MJ0690
E: Uncharacterized protein MJ0690
F: Uncharacterized protein MJ0690
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,07110
ポリマ－140,7036
非ポリマー3684
水4,540252
1
A: Uncharacterized protein MJ0690
B: Uncharacterized protein MJ0690
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9933
ポリマ－46,9012
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein MJ0690
D: Uncharacterized protein MJ0690
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9933
ポリマ－46,9012
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein MJ0690
F: Uncharacterized protein MJ0690
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0854
ポリマ－46,9012
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.669, 121.951, 81.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ0690 / Predicted subunit of tRNA methyltransferase


分子量: 23450.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q58102
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bistris Propane 7.0, 0.6M K/Na tartrate tetrahydrated, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929, 0.97948
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979481
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. all: 54039 / Num. obs: 51681 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 37.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 2.34→2.48 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→34.775 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.08 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 2197 5.18 %
Rwork0.1769 --
obs0.1813 42416 98.29 %
all-40225 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.42 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.149 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0606 Å2-0 Å2-0.0144 Å2
2---2.0874 Å2-0 Å2
3---1.0269 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9360 0 24 252 9636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10212848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.273624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.58940.30212100.19893954X-RAY DIFFRACTION97
2.5894-2.6930.27062370.16833933X-RAY DIFFRACTION97
2.693-2.81550.29552050.1783966X-RAY DIFFRACTION97
2.8155-2.96390.29232320.19153954X-RAY DIFFRACTION98
2.9639-3.14950.31632200.19273970X-RAY DIFFRACTION97
3.1495-3.39250.26942300.17784049X-RAY DIFFRACTION99
3.3925-3.73350.24372200.15824071X-RAY DIFFRACTION100
3.7335-4.27290.23922160.15084106X-RAY DIFFRACTION100
4.2729-5.38020.22262250.14434099X-RAY DIFFRACTION100
5.3802-34.77860.21832020.18014117X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51720.44570.19730.92241.03511.46280.00080.0402-0.0679-0.05530.0432-0.12360.10430.1166-0.07090.1305-0.0282-0.01740.117-0.02230.097130.875227.231266.5347
21.63110.29330.05280.2983-0.26991.5978-0.03030.1110.0829-0.0381-0.05670.097-0.1215-0.0680.05050.1256-0.0016-0.01250.0445-0.02570.09992.546525.471552.8342
30.7210.1243-0.13450.4583-0.17751.1755-0.0390.00280.0041-0.05480.018-0.0397-0.01070.120.03560.057-0.0158-0.00620.0862-0.00790.083529.8013-13.424352.1971
40.25750.3201-0.35730.4034-0.38191.34050.0129-0.06830.04850.0617-0.03220.2123-0.1543-0.0853-0.00280.0866-0.00940.00890.0919-0.00210.21192.762-14.554867.4818
51.8399-0.99870.34311.0965-0.77240.7784-0.03430.0560.00770.08590.04570.18450.1442-0.0372-0.00160.1990.01570.03610.04450.0150.1143.450811.896691.6805
61.7267-1.4019-0.61851.15270.64661.3917-0.0956-0.04910.02330.29050.063-0.09020.08530.01890.03260.17260.01850.00540.0431-0.01590.071832.83060.720291.5427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB3 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC3 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD4 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE4 - 200
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF3 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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