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- PDB-5vxa: Structure of the human Mesh1-NADPH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vxa
タイトルStructure of the human Mesh1-NADPH complex
要素Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1
キーワードHYDROLASE / Mesh1 NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / HD domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-NDP / Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rose, J. / Zhou, P.
引用
ジャーナル: Nat Metab / 年: 2020
タイトル: MESH1 is a cytosolic NADPH phosphatase that regulates ferroptosis.
著者: Ding, C.C. / Rose, J. / Sun, T. / Wu, J. / Chen, P.H. / Lin, C.C. / Yang, W.H. / Chen, K.Y. / Lee, H. / Xu, E. / Tian, S. / Akinwuntan, J. / Zhao, J. / Guan, Z. / Zhou, P. / Chi, J.T.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Mammalian stringent-like response mediated by the cytosolic NADPH phosphatase MESH1
著者: Ding, C.-K.C. / Rose, J. / Zhou, P. / Chi, J.-T.A.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.32022年3月30日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1
B: Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,13813
ポリマ－41,0292
非ポリマー2,10911
水4,612256
1
A: Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5507
ポリマ－20,5141
非ポリマー1,0366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5876
ポリマ－20,5141
非ポリマー1,0735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.780, 80.370, 114.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1 / HD domain-containing protein 3 / Metazoan SpoT homolog 1 / MESH1 / Penta-phosphate guanosine-3'- ...HD domain-containing protein 3 / Metazoan SpoT homolog 1 / MESH1 / Penta-phosphate guanosine-3'-pyrophosphohydrolase / (ppGpp)ase


分子量: 20514.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDDC3, MESH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N4P3, guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase

-
非ポリマー , 7種, 267分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4.5 mg/mL hMesh1 D66K, 50 mM NADPH, 25 mM Tris (pH 8.0), 100 mM NaCl, 0.05% 2-mercaptoethanol, 0.5 mM ZnCl2, 100 mM ammonium acetate, 50 mM sodium citrate, 12.5% PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.07 Å / Num. obs: 26452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 17.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→41.07 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 1342 5.07 %
Rwork0.1654 --
obs0.1675 26449 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2809 0 110 256 3175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9724185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6411859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17510.23931340.19652491X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.26210.24641270.19392430X-RAY DIFFRACTION100
2.2621-2.36510.22311170.18252492X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.48980.20371150.1732501X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.64570.22931460.17072475X-RAY DIFFRACTION100
2.6457-2.850.2271360.17142486X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.13670.19951370.17222494X-RAY DIFFRACTION100
3.1367-3.59030.18381400.152528X-RAY DIFFRACTION100
3.5903-4.52250.19981480.13142529X-RAY DIFFRACTION100
4.5225-41.07820.17831420.17312681X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03981.61580.07863.7780.03151.89570.00440.0199-0.0770.16050.035-0.2276-0.10050.1768-0.05210.0895-0.0176-0.01690.12310.0020.073911.5487-17.2402-36.5393
21.20990.02370.17651.99640.91031.59480.1655-0.07280.15060.5111-0.1454-0.1105-0.31030.1182-0.00340.2277-0.0898-0.01610.1084-0.00450.099610.5556-9.1012-28.166
32.69050.3937-0.45991.8542-0.49041.19490.1542-0.2963-0.41980.5995-0.093-0.7962-0.12930.5232-0.0970.2267-0.0783-0.20040.34740.0450.306622.138-18.1818-27.288
43.34821.2806-1.26942.3773-0.96390.5944-0.4502-0.1915-0.61090.349-0.2046-0.4136-0.34090.5140.3090.4268-0.1049-0.12530.32830.1040.245214.1163-25.9682-15.0607
51.46990.3684-0.13241.4776-0.49641.28540.1295-0.01040.07350.7398-0.06170.29250.0069-0.0109-0.07280.3482-0.02850.04850.11630.00640.10041.423-20.6966-19.8615
63.23882.3593-0.32972.79320.58130.6714-0.0955-0.6178-0.14870.7427-0.12260.5586-0.6023-0.07190.00490.49880.10720.46580.0438-0.379-0.6019-1.1287-12.0896-13.9685
71.19240.1041-0.00691.82950.13151.17730.07440.0330.1490.0291-0.01850.0094-0.1792-0.0339-0.0450.0831-0.0050.04090.08570.00080.10216.4394-6.6773-44.2963
82.94720.41540.80340.81091.54343.29990.3610.54850.1956-0.2545-0.27570.4864-0.3547-0.5504-0.07610.28350.12980.06230.28310.11870.30363.5074-4.5255-63.3397
91.2209-0.0290.17961.62020.37240.91640.21710.1699-0.0728-0.077-0.0849-0.0889-0.0813-0.0634-0.03260.07730.01610.0660.17910.00940.145614.429-13.7202-59.4831
100.6943-0.6874-0.85093.31661.91641.50260.10710.08340.2465-0.11020.0796-0.305-0.22750.3143-0.13160.1163-0.01490.09080.2198-0.01330.199523.914-7.2573-60.3701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 89 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 90 through 112 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 157 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 158 through 179 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 89 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 90 through 112 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 113 through 157 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 158 through 179 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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