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- PDB-7by5: Tetanus neurotoxin mutant-(H233A/E234Q/H237A/Y375F) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7by5
タイトルTetanus neurotoxin mutant-(H233A/E234Q/H237A/Y375F)
要素Tetanus toxin
キーワードTOXIN / Neurotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium tetani (破傷風菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Zhang, C.M. / Imoto, Y. / Fukuda, Y. / Yamashita, E. / Inoue, T.
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2021
タイトル: Structural flexibility of the tetanus neurotoxin revealed by crystallographic and solution scattering analyses.
著者: Zhang, C.M. / Imoto, Y. / Hikima, T. / Inoue, T.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetanus toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,49614
ポリマ－151,6561
非ポリマー83913
水13,908772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.542, 145.542, 129.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2195-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tetanus toxin / Tentoxylysin


分子量: 151656.484 Da / 分子数: 1 / 変異: H233A,E234Q,H237A,Y375F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium tetani (strain Massachusetts / E88) (破傷風菌)
株: Massachusetts / E88 / 遺伝子: tetX, CTC_p60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04958, tentoxilysin

-
非ポリマー , 5種, 785分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MOPS pH 7.0, 9% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→48.28 Å / Num. obs: 72360 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.27→2.32 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4203 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.446 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z7H, 1AF9, 5N0B

1z7h

1af9

5n0b


解像度: 2.27→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.218
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3663 5.063 %Random
Rwork0.186 68690 --
all0.188 ---
obs0.186 72353 99.1 %-
溶媒の処理VDWプローブ半径: 64.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10393 0 51 772 11216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01210740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9051.63614547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29451303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19524.45555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.358151933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2911537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.24897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.27378
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1830.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2090.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1750.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4155.7965179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.718.6846481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9615.9955560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.378.8798061
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.78678.63216595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.271-2.330.3432340.2854868X-RAY DIFFRACTION95.56
2.33-2.3930.3112830.2574845X-RAY DIFFRACTION98.6913
2.393-2.4630.2972520.2284788X-RAY DIFFRACTION99.3103
2.463-2.5380.2492490.2164600X-RAY DIFFRACTION98.7576
2.538-2.6210.2592200.1974529X-RAY DIFFRACTION99.2684
2.621-2.7130.2762480.1924311X-RAY DIFFRACTION99.1518
2.713-2.8150.2672360.1924219X-RAY DIFFRACTION99.1763
2.815-2.9290.282290.1874028X-RAY DIFFRACTION99.4162
2.929-3.0590.2441790.1793938X-RAY DIFFRACTION99.5406
3.059-3.2080.2352110.1613712X-RAY DIFFRACTION99.3919
3.208-3.3810.232100.1673550X-RAY DIFFRACTION99.3395
3.381-3.5850.2171640.163371X-RAY DIFFRACTION99.4094
3.585-3.830.2331720.1593201X-RAY DIFFRACTION99.6161
3.83-4.1350.1941540.1572970X-RAY DIFFRACTION99.7446
4.135-4.5270.1851410.1622743X-RAY DIFFRACTION99.6545
4.527-5.0550.2031320.1562498X-RAY DIFFRACTION99.6967
5.055-5.8270.2281100.2152229X-RAY DIFFRACTION99.8719
5.827-7.110.343860.2481906X-RAY DIFFRACTION99.7996
7.11-9.9480.2940.1851487X-RAY DIFFRACTION99.8737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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