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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bx1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RTT109 from Candida albicans | ||||||
要素 | Histone acetyltransferase RTT109 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HISTONE / ACETYLATION / DNA REPLICATION / NUCLEOSOME ASSEMBLY / DNA DAMAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / histone H3K56 acetyltransferase activity / phenotypic switching / DNA replication-dependent chromatin disassembly / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage response ...regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / histone H3K56 acetyltransferase activity / phenotypic switching / DNA replication-dependent chromatin disassembly / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y.P. / Lei, J.H. / Lu, D.R. / Su, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of RTT109 from Candida albicans 著者: Chen, Y.P. / Lei, J.H. / Lu, D.R. / Su, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bx1.cif.gz | 173.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bx1.ent.gz | 126 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bx1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bx1_validation.pdf.gz | 445.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bx1_full_validation.pdf.gz | 449.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bx1_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bx1_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bx1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42056.531 Da / 分子数: 1 / 変異: S321L,S336L,S339L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: RTT109, CAALFM_CR00410WA, CaO19.7491 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q5AAJ8, histone acetyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 15~20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.975 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 331312 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.07 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 3.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.63 Å / Num. unique obs: 331312 / CC1/2: 0.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→49.62 Å / SU ML: 0.1504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.5952
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→49.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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