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- PDB-7bwl: Structure of antibiotic sequester from Pseudomonas aerurinosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bwl
タイトルStructure of antibiotic sequester from Pseudomonas aerurinosa
要素UPF0312 protein PA0423
キーワードANTIBIOTIC / lipocalin family / antibiotic sequester / antibiotic resistance
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0312/YceI / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / periplasmic space / extracellular space / Ubiquinone-8 / UPF0312 protein PA0423
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hong, M.
資金援助Korea, Democratic People's Republic Of, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A2B6001619Korea, Democratic People's Republic Of
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa PA0423 protein and its functional implication in antibiotic sequestration.
著者: Lee, C. / Kim, M.I. / Park, J. / Kim, J. / Oh, H. / Cho, Y. / Son, J. / Jeon, B.Y. / Ka, H. / Hong, M.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0312 protein PA0423
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5302
ポリマ－20,8031
非ポリマー7271
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.338, 53.338, 134.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 UPF0312 protein PA0423 / Antibiotic sequester


分子量: 20803.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA0423 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I690
#2: 化合物 ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: in 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Na/K phosphate pH 6.2, and 40 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 15025 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.689 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Num. unique obs: 846 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.765 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WUB

1wub


解像度: 2.25→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 14.597 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2577 503 5.2 %RANDOM
Rwork0.2179 ---
obs0.22 9240 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.46 Å2 / Biso mean: 48.194 Å2 / Biso min: 30.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.88 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.88 Å2-0 Å2
3----9.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1305 0 53 50 1408
Biso mean--48.63 49.45 -
残基数----168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.9831863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4285167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81725.07765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.61715227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.737156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211072
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 45 -
Rwork0.277 644 -
all-689 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8774-1.25531.64351.3427-0.56776.2299-0.088-0.2091-0.0742-0.12750.0662-0.12410.93440.00840.02180.28830.00730.0550.11210.00390.430512.515-6.0095.761
22.2876-0.9772-0.04461.4742-0.30993.5818-0.052-0.0376-0.1433-0.05980.07680.05770.27330.0183-0.02480.0954-0.05410.01340.049-0.05030.390810.764-1.274-3.652
37.2885-0.01622.36293.08171.49456.0396-0.09420.3041-0.1997-0.21410.0301-0.02470.30940.30910.0640.1451-0.01340.06730.03710.02350.264513.874-5.088-9.803
41.7090.334-0.19141.84331.54297.5112-0.0554-0.20340.0278-0.05020.1245-0.1445-0.03250.6039-0.06910.00270.00270.00350.0707-0.02040.32919.165-1.2050.077
520.40060.649810.886110.4469-3.501515.23810.2265-0.71350.196-0.8847-0.04750.2211-0.7026-0.7673-0.1790.24690.050.03440.0621-0.01410.215212.706-2.222-19.448
61.6848-2.07112.41583.7969-4.91519.7460.20480.07980.052-0.3026-0.1006-0.05050.4290.4348-0.10420.1006-0.01190.01550.0453-0.00290.342712.6491.717-5.505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2A39 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3A89 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4A119 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5A165 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6A170 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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