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Yorodumi- PDB-1nig: 2.0 A Structure of Protein of Unknown Function from Thermoplasma ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1nig | ||||||
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Title | 2.0 A Structure of Protein of Unknown Function from Thermoplasma acidophilum | ||||||
Components | hypothetical protein TA1238 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / four helixbundle / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF1940 / Domain of unknown function (DUF1940) / Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Sanishvili, R. / Edwards, A. / Christendat, D. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / Year: 2004 Title: Crystal structure of the hypothetical protein TA1238 from Thermoplasma acidophilum: a new type of helical super-bundle. Authors: Sanishvili, R. / Pennycooke, M. / Gu, J. / Xu, X. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Christendat, D. | ||||||
History |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THE MOLECULE FORMS A TRIMER CRYSTALLOGRAPHICALLY, BUT IN SOLUTION THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1nig.cif.gz | 44.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1nig.ent.gz | 32.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1nig.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1nig_validation.pdf.gz | 363.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 1nig_full_validation.pdf.gz | 367.5 KB | Display | |
Data in XML | 1nig_validation.xml.gz | 5 KB | Display | |
Data in CIF | 1nig_validation.cif.gz | 7.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1nig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1nig | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17921.285 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) / Gene: TA1238 / Production host: Thermoplasma acidophilum (acidophilic) / References: UniProt: Q9HIT9 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | *PLUS pH: 4.6 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | *PLUS Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 50 Å / Num. obs: 11640 / % possible obs: 98.3 % / Num. measured all: 83217 / Rmerge(I) obs: 0.033 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.99 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.554 / SU ML: 0.131 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.184 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.854 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→70.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.002→2.053 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 70 Å / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 2.05 Å |