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- PDB-7bvz: Crystal structure of MreB5 of Spiroplasma citri bound to ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bvz
タイトルCrystal structure of MreB5 of Spiroplasma citri bound to ADP
要素Cell shape determining protein MreB
キーワードPROTEIN FIBRIL / Cytoskeleton protein / ATPase
機能・相同性Cell shape determining protein MreB / cell morphogenesis / ATPase, nucleotide binding domain / regulation of cell shape / ATP binding / cytoplasm / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Cell shape-determining protein MreB
機能・相同性情報
生物種Spiroplasma citri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pande, V. / Bagde, S.R. / Gayathri, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/07/IYBA/2013/06 インド
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2020
タイトル: MreB5 Is a Determinant of Rod-to-Helical Transition in the Cell-Wall-less Bacterium Spiroplasma.
著者: Harne, S. / Duret, S. / Pande, V. / Bapat, M. / Beven, L. / Gayathri, P.
履歴
登録2020年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2]
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell shape determining protein MreB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1604
ポリマ－39,6701
非ポリマー4913
水3,045169
1
A: Cell shape determining protein MreB
ヘテロ分子

A: Cell shape determining protein MreB
ヘテロ分子

A: Cell shape determining protein MreB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,48112
ポリマ－119,0093
非ポリマー1,4729
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.950, 41.150, 56.360
Angle α, β, γ (deg.)82.340, 74.010, 80.420
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cell shape determining protein MreB / MreB5 / Rod shape-determining protein


分子量: 39669.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cell wall less bacteria / 由来: (組換発現) Spiroplasma citri (バクテリア) / 遺伝子: mreB5, FRX96_09810, SCITRI_001914, SPICI01A_049 / Variant: GII3 / プラスミド: pHis17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q8VQG1
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 % / 解説: Thin needle like crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.15M Na-K phosphate. 16% PEG 3350, pH 7.8, 2mM ADP, 2mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.4 Å / Num. obs: 12584 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1233 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.52 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4czi

4czi


解像度: 2.3→36.142 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2757 657 5.22 %
Rwork0.228 11923 -
obs0.2303 12580 87.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85 Å2 / Biso mean: 27.9296 Å2 / Biso min: 11.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→36.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 29 173 2694
Biso mean--17.81 26.94 -
残基数----329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5133451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4521555
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3001-2.47760.33271290.283234686
2.4776-2.72690.34011460.2725235887
2.7269-3.12130.28921490.2559235988
3.1213-3.93170.29841050.2162241589
3.9317-36.1420.20481280.1879244590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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