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- PDB-7bta: Crystal structure of Rheb D60K mutant bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bta
タイトルCrystal structure of Rheb D60K mutant bound to GDP
要素GTP-binding protein Rheb
キーワードSIGNALING PROTEIN / mTORC1 / small GTPase / Rheb
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling ...regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / regulation of macroautophagy / positive regulation of TOR signaling / protein kinase activator activity / cellular response to nutrient levels / endomembrane system / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Metabolic Genes / spliceosomal complex / response to virus / GDP binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / GTP-binding protein Rheb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang, C. / Zhang, T. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870722 中国
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the functions of dominantly active Y35N and inactive D60K Rheb mutants in mTORC1 signaling.
著者: Zhang, C. / Liu, Y. / Zhang, Y. / Wang, X. / Zhang, T. / Ding, J.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein Rheb
B: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4026
ポリマ－40,3262
非ポリマー1,0764
水21612
1
A: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7013
ポリマ－20,1631
非ポリマー5382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
2
B: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7013
ポリマ－20,1631
非ポリマー5382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.860, 47.800, 61.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein Rheb / Ras homolog enriched in brain


分子量: 20163.057 Da / 分子数: 2 / 断片: GTPase domain / 変異: D60K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHEB, RHEB2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15382
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NaH2PO4: 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31.852 Å / Num. obs: 9007 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 679 / CC1/2: 0.881

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTQ

1xtq


解像度: 2.6→31.852 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 423 4.72 %
Rwork0.1905 --
obs0.1936 8967 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.02 Å2 / Biso mean: 51.4272 Å2 / Biso min: 19.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→31.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 66 12 2489
Biso mean--46.6 36.82 -
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1653398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.291496
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6005-2.97650.33541370.2327278497
2.9765-3.74920.24731390.19862842100
3.7492-31.8520.24031470.1743291899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.739-1.8206-0.22813.4499-0.44133.7992-0.1237-0.0196-0.1913-0.03990.27110.26420.0064-0.16890.08130.2826-0.0611-0.03720.2030.02930.3843108.1341-9.734729.9765
21.2951-1.2580.55711.6858-1.0710.855-0.7853-0.4493-0.63841.56780.7631.30980.3508-0.9484-0.02460.4626-0.02640.2150.7831-0.07790.9513105.0207-12.341239.5828
35.4137-1.5539-0.7444.9316-0.44544.48750.23960.07360.47020.4579-0.1680.2292-0.5987-0.6053-0.02360.3798-0.0167-0.08230.24040.01140.3716105.8428-0.253928.338
41.10990.75140.39167.3811-0.76183.3432-0.15661.2369-1.1282-1.58490.09691.52420.5647-0.86790.22150.7314-0.1926-0.09420.6788-0.14821.2388104.6954-23.879822.6943
51.55191.0661-0.8962.65710.87271.87680.14290.1179-1.5248-1.05710.78252.10910.7615-1.85820.11610.4823-0.0375-0.0981-0.094-0.07310.6906109.4999-14.311323.4257
64.6045-1.9563-0.18095.7799-0.47624.61110.07140.4861-0.4807-0.7046-0.25250.32390.3721-0.25190.05890.3436-0.0389-0.0710.2441-0.07770.449113.6305-18.0819.2882
73.3812-2.0512-0.48264.12140.28983.1429-0.118-0.06210.29870.08820.0462-0.2321-0.08780.40910.1520.2626-0.0416-0.05520.19260.00830.3463120.6656-11.083928.507
84.22472.2079-0.24993.1330.95133.7914-0.02370.29970.2166-0.7080.04570.4098-0.6213-0.55610.07260.45890.0832-0.06170.24340.01840.3311102.6383-36.234743.3461
94.57061.41290.152.69071.49733.7020.0340.5262-0.0383-0.52230.2959-0.0073-0.1405-0.39480.01360.45720.0248-0.02340.3079-0.03350.4891102.5853-44.228541.2022
104.73181.66140.46064.96271.95433.4567-0.1297-0.67410.9569-0.5237-0.22491.1419-0.9463-0.59250.17690.52380.1801-0.07510.3368-0.08070.467599.4702-28.383152.7304
113.79852.02060.09643.90461.45553.15260.2509-0.2418-0.1911-0.2397-0.1778-0.0525-0.19450.005-0.04040.39710.0381-0.02360.1986-0.00150.3513109.8255-35.019353.4722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 27 )A4 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 40 )A28 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 60 )A41 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 61 through 71 )A61 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 72 through 89 )A72 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 90 through 119 )A90 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 120 through 170 )A120 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 27 )B4 - 27
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 28 through 60 )B28 - 60
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 61 through 113 )B61 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 114 through 170 )B114 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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