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- PDB-5n2n: Crystal structure of the receiver domain of the histidine kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2n
タイトルCrystal structure of the receiver domain of the histidine kinase CKI1 from Arabidopsis thaliana complexed with Mg2+ and BeF3-
要素Histidine kinase CKI1
キーワードTRANSFERASE / receiver domain / histidine kinase CKI1 / (alpha/beta)5 fold
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary growth / phloem or xylem histogenesis / embryo sac development / cytokinin-activated signaling pathway / protein histidine kinase activity / plasmodesma / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...: / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Histidine kinase CKI1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Otrusinova, O. / Demo, G. / Padrta, P. / Jasenakova, Z. / Pekarova, B. / Gelova, Z. / Szmitkowska, A. / Kaderavek, P. / Jansen, S. / Zachrdla, M. ...Otrusinova, O. / Demo, G. / Padrta, P. / Jasenakova, Z. / Pekarova, B. / Gelova, Z. / Szmitkowska, A. / Kaderavek, P. / Jansen, S. / Zachrdla, M. / Klumpler, T. / Marek, J. / Hritz, J. / Janda, L. / Iwai, H. / Wimmerova, M. / Hejatko, J. / Zidek, L.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science FoundationGAP305/11/0756 チェコ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Conformational dynamics are a key factor in signaling mediated by the receiver domain of a sensor histidine kinase from Arabidopsis thaliana.
著者: Otrusinova, O. / Demo, G. / Padrta, P. / Jasenakova, Z. / Pekarova, B. / Gelova, Z. / Szmitkowska, A. / Kaderavek, P. / Jansen, S. / Zachrdla, M. / Klumpler, T. / Marek, J. / Hritz, J. / ...著者: Otrusinova, O. / Demo, G. / Padrta, P. / Jasenakova, Z. / Pekarova, B. / Gelova, Z. / Szmitkowska, A. / Kaderavek, P. / Jansen, S. / Zachrdla, M. / Klumpler, T. / Marek, J. / Hritz, J. / Janda, L. / Iwai, H. / Wimmerova, M. / Hejatko, J. / Zidek, L.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase CKI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3163
ポリマ－23,2261
非ポリマー902
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.850, 100.152, 80.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1342-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase CKI1 / Protein CYTOKININ-INDEPENDENT 1


分子量: 23225.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CKI1, At2g47430, T30B22.27
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O22267, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 % / 解説: prism
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.05 / 詳細: 2.54 M (NH4)2(SO4), 0.1 M MES pH 5.05, 12% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.74 Å / Num. obs: 13705 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / CC1/2: 0.945 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MM4

3mm4


解像度: 2.05→42.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.034 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22515 658 4.8 %RANDOM
Rwork0.18175 ---
obs0.18378 13028 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å20 Å2-0 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----3.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 5 53 1218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.851.9891573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0232629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0295147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.17824.82156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.17815228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2731510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1594.102594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.154.098593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4796.123739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4786.128740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2124.957588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.224.969583
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.3377.108832
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.28833.2821337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.30133.2381329
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 55 -
Rwork0.202 936 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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