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- PDB-7bov: The Structure of Bacillus subtilis glycosyltransferase,Bs-YjiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bov
タイトルThe Structure of Bacillus subtilis glycosyltransferase,Bs-YjiC
要素Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YjiC
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


NDP-glycosyltransferase / UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain / UDP-glycosyltransferase, MGT-like / : / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NDP-glycosyltransferase YjiC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.293 Å
データ登録者Zhao, C. / Liu, B. / Zhao, N.L. / Luo, Y.Z. / Bao, R.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical studies of the glycosyltransferase Bs-YjiC from Bacillus subtilis.
著者: Liu, B. / Zhao, C. / Xiang, Q. / Zhao, N. / Luo, Y. / Bao, R.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YjiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2414
ポリマ－44,0331
非ポリマー2073
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.882, 118.433, 184.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-541-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YjiC


分子量: 44033.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yjiC, BSU12220 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O34539, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2mM phloretin;5mM GDP; 30% PEG 3350;150mM NaCl;100mM Bis-Tris
PH範囲: 5.8-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.293→39.62 Å / Num. obs: 47727 / % possible obs: 97.57 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 38.85 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.21
反射 シェル解像度: 2.293→2.375 Å / Num. unique obs: 2446 / Rrim(I) all: 0.804

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IYA

2iya


解像度: 2.293→39.62 Å / SU ML: 0.3853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.9604
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 3762 7.88 %
Rwork0.2343 --
obs0.2368 47727 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.293→39.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 13 86 2898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01662859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.68543859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1158435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.46391083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.293-2.3220.35421330.39581556X-RAY DIFFRACTION91.15
2.322-2.3520.36131400.36921617X-RAY DIFFRACTION94.41
2.35-2.380.32331390.36851595X-RAY DIFFRACTION97.03
2.38-2.420.40881310.3511588X-RAY DIFFRACTION96.95
2.42-2.460.31741390.34871629X-RAY DIFFRACTION94.75
2.46-2.490.41411260.3531462X-RAY DIFFRACTION87.06
2.49-2.530.38131400.34521623X-RAY DIFFRACTION97.19
2.53-2.580.40071340.34241647X-RAY DIFFRACTION97.59
2.58-2.620.36271420.32911642X-RAY DIFFRACTION97.7
2.62-2.680.33171460.31051640X-RAY DIFFRACTION99.17
2.68-2.730.31361420.29551633X-RAY DIFFRACTION97.21
2.73-2.790.27551420.27851628X-RAY DIFFRACTION98.77
2.79-2.850.33651450.28951683X-RAY DIFFRACTION99.35
2.85-2.930.23931360.27851647X-RAY DIFFRACTION97.81
2.93-30.28221420.25691636X-RAY DIFFRACTION99.22
3-3.090.29561410.2441634X-RAY DIFFRACTION98.28
3.09-3.190.28281380.25361658X-RAY DIFFRACTION96.92
3.19-3.310.27061330.2281559X-RAY DIFFRACTION92.11
3.31-3.440.26761430.21111652X-RAY DIFFRACTION99.89
3.44-3.60.21181430.20011665X-RAY DIFFRACTION99.45
3.6-3.790.22121470.19171680X-RAY DIFFRACTION99.4
3.79-4.020.20931390.17981679X-RAY DIFFRACTION99.73
4.02-4.330.24881450.17051686X-RAY DIFFRACTION99.73
4.33-4.770.17851300.15311574X-RAY DIFFRACTION94.61
4.77-5.460.19261430.17581656X-RAY DIFFRACTION99.06
5.46-6.870.26691460.23191658X-RAY DIFFRACTION99.78
6.87-39.620.26741370.21251638X-RAY DIFFRACTION96.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.75929581611.364827627881.333688211134.10507722968-0.7675569438716.507562976060.317129309745-1.427947389420.2207108248151.68418073644-0.118113110289-0.373112333327-0.7497088210360.680444562504-0.2350333824361.1288605243-0.1073246552790.1788715556440.98269613281-0.1300118570840.686693828172-12.1058305088-19.9806308834-13.1297072703
26.925038333531.25886662627-2.274410899173.44540448721-0.03339261875192.505367990630.436539104513-0.5448681733510.5714299691590.733781813401-0.04470076899410.574245746911-0.617852600777-0.0405433234789-0.3198968729450.4676164104470.03047516090120.04621106643340.406267468058-0.0519984933080.410696644899-12.4147466107-17.0035128064-32.9552982931
34.183718289260.440239737279-1.591679097864.07231087684-0.5278207319574.015924256660.10903085034-0.333190943650.5550681518610.513422112942-0.0197233300035-0.125468732779-0.4211830913660.138925064787-0.1294542389930.27945124048-0.000386933899033-0.05281003981980.221947351353-0.01656208004860.373342187252-4.75772731286-18.4036484917-39.135627273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 171 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 172 through 234 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 235 through 388 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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