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- PDB-7bo7: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PRMT5:MEP50 COMPLEX with JNJB44355437 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bo7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PRMT5:MEP50 COMPLEX with JNJB44355437
要素
  • Methylosome protein 50
  • Protein arginine N-methyltransferase 5
キーワードTRANSLOCASE / complex inhibitor bound PRMT5 MEP50
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity / : / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / E-box binding / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ribonucleoprotein complex binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / Regulation of TP53 Activity through Methylation / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / p53 binding / transcription corepressor activity / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-U6K / Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Brown, D. / Robinson, C. / Carr, K.H. / Pande, V.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PRMT5:MEP50 COMPLEX with JNJB44355437
著者: Brown, D. / Robinson, C. / Carr, K.H. / Pande, V.
履歴
登録2021年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Protein arginine N-methyltransferase 5
BBB: Methylosome protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2788
ポリマ－111,3502
非ポリマー9286
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area36960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.190, 137.250, 179.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs


分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質 Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50


分子量: 37586.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9BQA1

-
非ポリマー , 5種, 58分子

#3: 化合物 ChemComp-U6K / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-[(4~{a}~{S},7~{a}~{S})-4-azanyl-1,4,4~{a},7~{a}-tetrahydropyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]-5-(quinolin-7-yloxymethyl)oxolane-3,4-diol


分子量: 397.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, 150mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→60.367 Å / Num. obs: 30068 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.83→2.98 Å / Rmerge(I) obs: 1.379 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4286 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RLQ

6rlq


解像度: 2.83→60.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.169 / SU B: 22.28 / SU ML: 0.382 / Average fsc free: 0.8639 / Average fsc work: 0.825 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.365 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 1310 4.357 %
Rwork0.205 28757 -
all0.207 --
obs-30067 99.596 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 64.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.717 Å20 Å20 Å2
2--2.329 Å2-0 Å2
3----7.046 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→60.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7262 0 63 52 7377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137555
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.63810307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2271.57115886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8045930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86422.28386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.955151161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9651545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.26692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.23498
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.23708
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1990.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2930.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1156.7753729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1096.7733728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.78310.1554656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.78210.1574657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9527.0673825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9527.0683826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.78310.4765651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.78310.4775652
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.915127.77630371
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.915127.76930364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-2.9032900.3932180X-RAY DIFFRACTION98.7766
2.903-2.9830.418320.3752070X-RAY DIFFRACTION97.8585
2.983-3.0690.398810.3181997X-RAY DIFFRACTION99.76
3.069-3.1640.278990.271931X-RAY DIFFRACTION99.8524
3.164-3.2670.311120.2851872X-RAY DIFFRACTION99.9496
3.267-3.3820.294830.2571819X-RAY DIFFRACTION99.9474
3.382-3.510.361770.2351753X-RAY DIFFRACTION99.9454
3.51-3.6530.294840.2221699X-RAY DIFFRACTION99.888
3.653-3.8150.322620.1971630X-RAY DIFFRACTION99.9409
3.815-4.0010.23840.1761546X-RAY DIFFRACTION99.9387
4.001-4.2170.226870.1651462X-RAY DIFFRACTION99.4862
4.217-4.4720.172900.1441367X-RAY DIFFRACTION99.3861
4.472-4.7810.236740.1481323X-RAY DIFFRACTION100
4.781-5.1630.19650.1431235X-RAY DIFFRACTION100
5.163-5.6540.207750.1671135X-RAY DIFFRACTION99.9174
5.654-6.320.236490.1781041X-RAY DIFFRACTION100
6.32-7.2930.23530.171928X-RAY DIFFRACTION99.8982
7.293-8.9220.199390.158777X-RAY DIFFRACTION98.9091
8.922-12.5760.21310.142632X-RAY DIFFRACTION99.8494
12.576-60.3670.337330.277360X-RAY DIFFRACTION98.7437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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