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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bo7 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PRMT5:MEP50 COMPLEX with JNJB44355437 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / : / methylosome / protein-arginine N-methyltransferase activity / methyl-CpG binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brown, D. / Robinson, C. / Carr, K.H. / Pande, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PRMT5:MEP50 COMPLEX with JNJB44355437 著者: Brown, D. / Robinson, C. / Carr, K.H. / Pande, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 372.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6rlqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 37586.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q9BQA1 |
-非ポリマー , 5種, 58分子 ![](data/chem/img/U6K.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-U6K / ( | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-EPE / ![]() | ||||
#5: 化合物 | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % |
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結晶化![]() | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, 150mM ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.83→60.367 Å / Num. obs: 30068 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.83→2.98 Å / Rmerge(I) obs: 1.379 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4286 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6RLQ 解像度: 2.83→60.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.169 / SU B: 22.28 / SU ML: 0.382 / Average fsc free: 0.8639 / Average fsc work: 0.825 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.365 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.138 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.83→60.367 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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