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- PDB-7s0u: PRMT5/MEP50 crystal structure with MTA and phthalazinone fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s0u
タイトルPRMT5/MEP50 crystal structure with MTA and phthalazinone fragment bound
要素
  • Methylosome protein 50
  • Protein arginine N-methyltransferase 5
キーワードTRANSFERASE / PRMT5 / MTAP / MTA / methyl transferase / collateral lethality / synthetic lethality / fragment-based lead discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity / : / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / E-box binding / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ribonucleoprotein complex binding / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / Regulation of TP53 Activity through Methylation / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / p53 binding / transcription corepressor activity / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(aminomethyl)phthalazin-1(2H)-one / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Thomas, N.C. / Lawson, J.D. / Ivetac, A. / Smith, C.R. / Kulyk, S. / Marx, M.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Fragment-Based Discovery of MRTX1719, a Synthetic Lethal Inhibitor of the PRMT5•MTA Complex for the Treatment of MTAP -Deleted Cancers.
著者: Smith, C.R. / Aranda, R. / Bobinski, T.P. / Briere, D.M. / Burns, A.C. / Christensen, J.G. / Clarine, J. / Engstrom, L.D. / Gunn, R.J. / Ivetac, A. / Jean-Baptiste, R. / Ketcham, J.M. / ...著者: Smith, C.R. / Aranda, R. / Bobinski, T.P. / Briere, D.M. / Burns, A.C. / Christensen, J.G. / Clarine, J. / Engstrom, L.D. / Gunn, R.J. / Ivetac, A. / Jean-Baptiste, R. / Ketcham, J.M. / Kobayashi, M. / Kuehler, J. / Kulyk, S. / Lawson, J.D. / Moya, K. / Olson, P. / Rahbaek, L. / Thomas, N.C. / Wang, X. / Waters, L.M. / Marx, M.A.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_database_related
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2197
ポリマ－111,6262
非ポリマー5935
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area37370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.748, 138.418, 177.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs


分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質 Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50


分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BQA1

-
非ポリマー , 6種, 137分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-81X / 4-(aminomethyl)phthalazin-1(2H)-one


分子量: 175.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Sodium Citrate pH 5.4, 15% PEG3350, 4% Tascimate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 50573 / % possible obs: 74.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.05 Å / Num. unique obs: 1021 / CC1/2: 0.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GBQ

4gbq


解像度: 2.01→44.98 Å / SU ML: 0.2791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.6221
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 2494 4.93 %
Rwork0.2309 48079 -
obs0.2325 50573 62.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7177 0 39 132 7348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.443610081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04341118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.52182672
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3662 29 -
Rwork0.3417 662 -
obs--25.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2105512983-1.06577633094-0.1250108787621.152657121350.2181736665251.06212697182-0.00198533227548-0.0844432052217-0.1564052744230.05088629748610.0459682017189-0.12335071430.5689005837590.706582483225-0.03153886953960.5468368226510.3668520571690.0460904161230.587347003337-0.02662987659990.2999904781-23.8574722278-95.4903723962-17.7448847969
24.42272614567-0.9261226114621.006167644791.87088756011-0.6585710390211.250477529220.0527400548279-0.290622661030.2528265087190.268465063974-0.2308967784350.1516565859770.4184978949410.2942486815990.171714937020.1968149645760.03727450064420.09266949178940.269991170675-0.06125584644350.271773486723-34.3547001979-86.3733856565-17.5042439558
31.15347014119-0.4462019588340.03925112859272.59226127170.6073085234170.2155763009140.2801594480370.186112633625-0.0425269932686-0.736113025987-0.1930029743050.0334372197976-0.04363901336230.287137590959-0.09816088866960.308582692540.2754674782780.03280039348060.435579337014-0.02131479868010.296419255686-31.979566432-79.9501028716-33.4009703161
40.651602181546-0.0179462162177-0.4845349341890.8715774569620.03183749695031.012561801340.1621283558750.3374875720470.198100151739-0.31198606513-0.0584436328912-0.3331594739050.05035870411140.628477617901-0.1441214780780.2284593483980.1106384674440.2207605039420.8206364760370.02871579213560.388861098023-16.5994751918-74.7520331236-32.0207110914
50.3491806706560.0831084492230.5205828771110.6661365974760.2932720838350.8026006228590.112395100249-0.007809019706210.0751877575367-0.2364669577580.050500815654-0.269380349421-0.4144352273140.871081536741-0.1814747130260.474286980835-0.2860636489150.1046593993270.59782626090.02040507708660.369421573353-20.6900219598-56.2003984362-13.145579643
60.435949443592-0.04325725584280.2548152056880.19264092310.2717080471570.9046395621780.030807632006-0.008744649865650.1908167017830.0424662781822-0.00048201741718-0.165324423469-1.087648570770.7302978190970.04322769948870.978177394768-0.5337453807490.06721426994770.3891173470670.0227745255880.338451524462-28.4480181452-31.6630599286-9.74408427222
71.369665777560.8174577223420.06500451101822.900340059340.3073110596481.415503517040.1059745438880.040593311243-0.00129934894588-0.0537184633609-0.1137224096060.157698985667-0.5025582498690.207268307171-0.004822854777550.346282988427-0.07856986203990.005652708430240.1810632882070.004765489344140.131992620435-40.9662993757-51.5372549132-20.3017608904
80.9595907932610.582731472320.1428457346872.11242711726-0.021595206011.063720832760.02037112862490.06452333798180.00630241659616-0.2536457628490.0375034131903-0.0937867944872-0.7029978763520.374015449764-0.03715833270160.295883624758-0.06660731311950.04293644114730.279878835474-0.0008975688667970.175548032888-39.951411913-49.973692777-20.1816163767
90.653696728813-0.126598732612-0.2857254138361.480261912480.8332526869440.543752518244-0.27419688493-0.157648380605-0.3628099465580.4327379676660.188951965264-0.05847202102590.4153041216680.240309367351-0.003697280472791.263986601830.6847828395130.1257986498740.86344409934-0.06974818396280.506528597105-15.965476055-113.479464707-26.8277733999
100.5335800061670.02497568465820.229368373430.561976765507-0.1842109648820.1652235923990.06533216062980.0308057390993-0.1547287898080.02887884115840.0048094639565-0.003844666265490.2643258516260.120006499759-0.06585847947391.485402747320.7904318642920.01205680687681.12798385990.08540942370620.540818587449-12.2435115081-121.749767475-27.4656167045
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 116 )AA13 - 1161 - 104
22chain 'A' and (resid 117 through 149 )AA117 - 149105 - 137
33chain 'A' and (resid 150 through 208 )AA150 - 208138 - 196
44chain 'A' and (resid 209 through 278 )AA209 - 278197 - 262
55chain 'A' and (resid 279 through 330 )AA279 - 330263 - 308
66chain 'A' and (resid 331 through 487 )AA331 - 487309 - 465
77chain 'A' and (resid 488 through 549 )AA488 - 549466 - 527
88chain 'A' and (resid 550 through 637 )AA550 - 637528 - 614
99chain 'B' and (resid 27 through 55 )BG27 - 551 - 29
1010chain 'B' and (resid 56 through 69 )BG56 - 6930 - 43
1111chain 'B' and (resid 70 through 82 )BG70 - 8244 - 56
1212chain 'B' and (resid 83 through 98 )BG83 - 9857 - 72
1313chain 'B' and (resid 99 through 121 )BG99 - 12173 - 95
1414chain 'B' and (resid 122 through 175 )BG122 - 17596 - 149
1515chain 'B' and (resid 176 through 196 )BG176 - 196150 - 170
1616chain 'B' and (resid 197 through 241 )BG197 - 241171 - 211
1717chain 'B' and (resid 242 through 263 )BG242 - 263212 - 230
1818chain 'B' and (resid 264 through 293 )BG264 - 293231 - 260
1919chain 'B' and (resid 294 through 329 )BG294 - 329261 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る