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万見
- PDB-7blz: Red alga C.merolae Photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7blz
タイトルRed alga C.merolae Photosystem I
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 3
  • (Photosystem I iron-sulfur ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 4
  • Lhcr3
  • PSI-F
  • PSI-K
  • PsaO
  • Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24
  • Similar to light harvesting protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Red alga C.merolae Photosystem I
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / ERGOSTEROL / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-PGT ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / ERGOSTEROL / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-PGT / PHYLLOQUINONE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / IRON/SULFUR CLUSTER / Phosphatidylinositol / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / Photosystem I subunit O / Similar to light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center subunit VII / Photosystem I iron-sulfur center / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nelson, N. / Klaiman, D. / Hippler, M.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Red alga C.merolae Photosystem I
著者: Nelson, N. / Klaiman, D. / Hippler, M.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12228
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Similar to light harvesting protein
2: Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24
3: Lhcr3
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2
E: Photosystem I iron-sulfur center subunit VII
F: PSI-F
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: PSI-K
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
O: PsaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,161221
ポリマ－313,23315
非ポリマー160,929206
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 123FKO

#1: タンパク質 Similar to light harvesting protein


分子量: 19551.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: M1VKK5
#2: タンパク質 Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24


分子量: 19796.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: M1UU36
#3: タンパク質 Lhcr3


分子量: 19041.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D
#9: タンパク質 PSI-F


分子量: 17997.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: A0A5P9RU83
#12: タンパク質 PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 5608.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85G51
#15: タンパク質 PsaO


分子量: 10485.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: M1VFJ4

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 3種, 3分子 ABD

#4: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82215.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FY7, photosystem I
#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 81976.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FY6, photosystem I
#7: タンパク質 Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2


分子量: 15567.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FY0

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Photosystem I iron-sulfur ... , 2種, 2分子 CE

#6: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8691.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85G47, photosystem I
#8: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center subunit VII


分子量: 6985.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FZ1

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Photosystem I reaction center subunit ... , 4種, 4分子 IJLM

#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3276.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FQ6
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: A0A5P9RTH6
#13: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 14690.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FP8
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 2937.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85G73

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糖 , 2種, 5分子

#24: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#31: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 16種, 450分子

#16: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物
ChemComp-C7Z / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル


分子量: 568.871 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#18: 化合物
ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物 ChemComp-ERG / ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル


分子量: 396.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O
#21: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#22: 化合物 ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#25: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#27: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#28: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#29: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#30: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#32: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#33: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Cyanidioschyzon merolae strain 10D (真核生物)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7220

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIX1.19-4092-000モデルフィッティング
9PHENIX1.19-4092-000モデル精密化
10RELION3.1.0初期オイラー角割当
11RELION3.1.0最終オイラー角割当
12RELION3.1.0分類
13RELION3.1.0３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1198564
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128943 / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 35.12 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00635406
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.03549831
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d27.21714753
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1174361
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0098532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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