PDB-7bk7: PfCopC mutant - D83N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bk7

タイトル

PfCopC mutant - D83N

要素

Putative copper resistance protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Copper binding / copper transport

機能・相同性

機能・相同性情報

copper ion transport / response to copper ion / periplasmic space / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muderspach, S.J. / Ipsen, J. / Rollan, C.H. / Bertelsen, A.B. / Norholm, M.H.H. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: Copper binding and reactivity at the histidine brace motif: insights from mutational analysis of the Pseudomonas fluorescens copper chaperone CopC.
著者: Ipsen, J.O. / Hernandez-Rollan, C. / Muderspach, S.J. / Brander, S. / Bertelsen, A.B. / Jensen, P.E. / Norholm, M.H.H. / Lo Leggio, L. / Johansen, K.S.

履歴

登録	2021年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bk7.cif.gz	55.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bk7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bk7_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bk7_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	7bk7_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	7bk7_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bk5C 7bk6C 6nfqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lkl-3 7bk6-2 5zc4-1 2ywq-1 5xj3-5 3eun-d 2bx5-7 7bvw-2 2bx5-4 2bx5-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Putative copper resistance protein

BBB: Putative copper resistance protein

ヘテロ分子

20.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putative copper resistance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Putative copper resistance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.300, 80.300, 89.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Putative copper resistance protein 分子量: 10109.310 Da / 分子数: 2 / 変異: D83N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: SBW25 / 遺伝子: PFLU_3946 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C3JYL7

-
非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.9 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 12725 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.64 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 10.52
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / Num. unique obs: 1884 / CC_1/2: 0.457 / R_rim(I) all: 1.962

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	VERSION Jan 31, 2020	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 31, 2020	データスケーリング
MOLREP	Vers 11.6.03; 30.04.2018	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NFQ

6nfq

解像度: 2.3→35.266 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.289 / WR_factor R_work: 0.22 / SU B: 8.819 / SU ML: 0.211 / Average fsc free: 0.8515 / Average fsc work: 0.8713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.226 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2676	647	5.088 %
R_work	0.2082	12068	-
all	0.212	-	-
obs	-	12715	99.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.442 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.533 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.533 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.066 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.266 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1398	0	17	74	1489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.644	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.22	1.583	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.17	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.75	24.34	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.395	15	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.008	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.292	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.217	7.307	814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.215	7.296	812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.287	10.917	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.288	10.921	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.31	7.792	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.276	7.758	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.492	11.483	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.483	11.425	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.08	86.459	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.043	86.347	1512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.324	30	0.307	924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.424	0.317	33	0.296	866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.494	0.38	66	0.357	841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.571	0.358	38	0.278	820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.655	0.406	31	0.283	793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.655-2.748	0.333	40	0.278	756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.748-2.852	0.403	29	0.248	755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.852-2.968	0.325	43	0.232	708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.099	0.248	52	0.214	670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.25	0.272	30	0.236	654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.426	0.326	45	0.237	616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.426-3.633	0.319	28	0.236	602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.633-3.882	0.321	30	0.22	548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.882-4.192	0.306	30	0.192	518	X-RAY DIFFRACTION	100
4.192-4.59	0.205	31	0.167	459	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.128	0.227	28	0.158	433	X-RAY DIFFRACTION	100
5.128-5.914	0.244	20	0.187	385	X-RAY DIFFRACTION	100
5.914-7.226	0.282	14	0.187	339	X-RAY DIFFRACTION	100
7.226-10.145	0.153	22	0.149	246	X-RAY DIFFRACTION	100
10.145-35	0.246	7	0.184	135	X-RAY DIFFRACTION	91.6129

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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